Родился 29 октября 1961 г. в гор. Куйбышеве (ныне Самара).
В 1983 г. окончил филологический факультет Куйбышевского государственного университета (впоследствии Самарский государственный университет, ныне в составе Самарского национального исследовательского университета им. академика С. П. Королева).
Профессиональная деятельность
Пройдя в 1983-1985 гг. службу в Советской армии, Дмитрий Муратов стал сотрудником куйбышевской газеты "Волжский комсомолец".
В 1987 г. переехал в Москву. С 1987 по 1990 г. являлся заведующим отделом рабочей молодежи, с 1990 по 1992 г. - редактором отдела информации газеты "Комсомольская правда".
В 1993 г. Дмитрий Муратов вместе с несколькими другими бывшими сотрудниками "Комсомольской правды" участвовал в создании "Новой ежедневной газеты". В 1993-1994 гг. являлся членом ее редколлегии, заместителем главного редактора Сергея Кожеурова. В конце 1994 г. - начале 1995 г. был специальным корреспондентом издания в зоне боевых действий на территории Чеченской Республики.
В феврале 1995 г. стал главным редактором "Новой газеты" (обновленное название "Новой ежедневной газеты"), занимал эту должность до ноября 2017 г.
В 2017-2019 гг. возглавлял редакционный совет "Новой газеты" (главным редактором в этот период был Сергей Кожеуров).
С ноября 2019 г. по н. в. Дмитрий Муратов вновь занимает должность главного редактора "Новой газеты" (был переизбран на новый двухлетний срок в ноябре 2021 г.). В сентябре 2022 г. Басманный суд Москвы по иску Роскомнадзора отозвал лицензию СМИ у "Новой газеты". Причиной для подачи иска послужило непредоставление устава редакции в установленные законом о СМИ сроки.
По данным "СПАРК-Интерфакс", в качестве издателя "Новой газеты" выступало ЗАО "Издательский дом "Новая газета" (100% его акций принадлежит ООО "Информбюро", владельцами которого на паритетной основе являются Дмитрий Муратов и бывший главред "Новой газеты" Сергей Кожеуров).
Общественная деятельность
Дмитрий Муратов входил в состав общественного совета при Министерстве внутренних дел РФ.
В 2016 г. являлся доверенным лицом политической партии "Яблоко" на выборах в Государственную думу РФ VII созыва.
В 2018 г. был доверенным лицом кандидата на пост президента России Григория Явлинского.
В сентябре 2023 г. Минюст РФ добавил Дмитрия Муратова в реестр иноагентов.
Награды
Дмитрий Муратов награжден орденами Дружбы (1999), Почетного легиона (Франция, 2010), "Крест Маарьямаа" III степени (Эстония, 2013).
8 октября 2021 г. Норвежский нобелевский комитет присудил Дмитрию Муратову и филиппинской журналистке Марии Рессе Нобелевскую премию мира за "их усилия по защите свободы слова, что является предпосылкой для демократии и прочного мира".
21 октября в ходе пленарной сессии клуба "Валдай" президент РФ Владимир Путин поздравил Дмитрия Муратова с присуждением ему Нобелевской премии мира.
Журналист сообщил, что денежная составляющая его премии будет распределена среди благотворительных организаций. В их числе он упомянул фонд "Круг добра", помогающий детям с тяжелыми и редкими заболеваниями (создан в 2021 г. в соответствии с указом президента РФ Владимира Путина), фонд "Подари жизнь", детский хоспис "Дом с маяком", первый московский хоспис "Вера". Среди адресатов помощи он также назвал премию "Камертон" имени Анны Политковской.
Обладатель Международной премии свободы прессы (присуждается международной правозащитной организацией "Комитет защиты журналистов"; 2007).