Родился 26 апреля 1963 г. в г. Ташкенте Узбекской ССР (ныне Республика Узбекистан).
В 1985 г. с отличием окончил факультет проблем физики и энергетики Московского физико-технического института (МФТИ), в 1993 г. - Московский юридический институт (ныне Московский государственный юридический университет им. О. Е. Кутафина).
Кандидат физико-математических наук. В 1989 г. во Всесоюзном научно-исследовательском центре по изучению свойств поверхности вакуума защитил диссертацию на тему "Некоторые вопросы теории квазиэнергетических состояний квантовых систем".
В 1985-1990 гг. - инженер, научный сотрудник Всесоюзного научно-исследовательского центра по изучению свойств поверхности вакуума. Одновременно занимался репетиторством. В 1988 г. зарегистрировал кооператив "Интеграл" по организации подготовки школьников к поступлению в вузы.
В 1990-1997 гг. - депутат совета народных депутатов (с 1996 г. - городского совета) г. Долгопрудного Московской области. С апреля 1990 г. по февраль 1992 г. - заместитель председателя совета. Представлял в горсовете неформальный блок демократов и сотрудников МФТИ.
С октября 1991 г. - член Движения демократических реформ (ДДР, соучредители - бывший член политбюро ЦК КПСС Александр Яковлев, мэры Москвы и Санкт-Петербурга Гавриил Попов и Анатолий Собчак и др.), член координационного совета ДДР Московской области.
В 1992-1994 гг. - начальник управления методического и правового обеспечения Фонда имущества Московской области. Участвовал в организации приватизации госпредприятий в Подмосковье.
В 1994-1996 гг. - заместитель директора Института структурной и инвестиционной политики. Занимался разработкой законопроектов, в частности Гражданского кодекса РФ, закона "Об акционерных обществах" и др.
17 декабря 1995 г. баллотировался в депутаты Государственной думы РФ II созыва по Мытищинскому одномандатному округу №108 как самовыдвиженец и по федеральному списку Партии российского единства и согласия Сергея Шахрая. В Госдуму не прошел. Список ПРЕС не преодолел 5-процентный барьер (0,36%). В округе Борис Надеждин занял 5 место из 12 кандидатов, набрав 6,22% голосов (победу одержал Сергей Юшенков от "Демократического выбора России", 19,01%).
В 1996-1997 гг. - начальник юридического управления ОАО "Процессор".
В 1997-1998 гг. Борис Надеждин работал в Аппарате правительства РФ, где занимал должности советника первого вице-премьера Бориса Немцова и помощника председателя правительства Сергея Кириенко. Принимал участие в создании уставов РАО "ЕЭС России", "Транснефти", "Газпрома".
В 1998-1999 гг., по словам Бориса Надеждина, он был сотрудником Администрации президента РФ.
В 1999 г. организовал и возглавил кафедру права в МФТИ, читал в вузе курс по основам государства и права.
В 1999-2001 гг. - член политсовета движения "Новая сила" Сергея Кириенко, которое стало соучредителем "Союза правых сил" (СПС).
С октября 1999 г. - член политсовета избирательного блока "Союз правых сил".
В 1999-2003 гг. - депутат Государственной думы РФ III созыва. 19 декабря 1999 г. был избран по общефедеральному списку СПС (баллотировался под пятым номером в списке кандидатов). В Госдуме был первым заместителем руководителя фракции СПС, членом комитета Госдумы по государственному строительству.
В 2000-х - начале 2010-х гг., по данным "СПАРК-Интерфакс", владел рекламно-информационными компаниями "Город надежды" и "Центринформ".
С марта 2001 г. - член общенационального комитета "За прекращение войны и установление мира в Чеченской республике" (в него также входили депутаты Госдумы Сергей Ковалев, Сергей Юшенков, президент Ингушетии Руслан Аушев, вдова академика Андрея Сахарова Елена Боннэр и др.).
С 2001 г. - член политсовета, с 2004 по 2008 г. - секретарь президиума федерального политсовета по законодательной деятельности партии "Союз правых сил". С 2001 г. также был председателем московского областного отделения СПС.
В 2001 г. Борис Надеждин основал некоммерческую организацию "Институт региональных проектов и законодательства", до настоящего времени занимает пост ее президента.
В 2003-2006 гг. был учредителем газеты "Город надежды" (распространялась бесплатно в городах Мытищинского избирательного округа).
7 декабря 2003 г. баллотировался в Госдуму РФ IV созыва по партийному списку СПС (возглавлял региональную группу по Московской области), а также по Мытищинскому одномандатному округу №109. В Госдуму не прошел. Список СПС не преодолел 5-процентный барьер (3,97%). В одномандатном округе Борис Надеждин занял третье место из восьми кандидатов с результатом 14,62% (победу одержал выдвиженец от Народной партии, бывший командующий Московского округа внутренних войск МВД РФ Аркадий Баскаев).
11 марта 2007 г. Борис Надеждин баллотировался в Московскую областную думу по списку СПС (второй номер в списке). 2 декабря 2007 г. выдвигался на выборы в Госдуму РФ V созыва от СПС (первый номер в региональной группе №15, Московская область - Дмитровская, Люберецкая, Химкинская). Избран не был, поскольку партия не смогла преодолеть 7-процентный проходной барьер, получив на выборах 6,89% и 0,96% голосов соответственно.
В ноябре 2008 г. стал членом федерального политического совета партии "Правое дело", образованной на основе СПС, партии "Гражданская сила" и Демократической партии России (в 2016 г. "Правое дело" реорганизовано в Партию роста). Одновременно возглавлял московское отделение партии. 26 декабря 2011 г. покинул "Правое дело".
4 декабря 2011 г. участвовал в выборах депутатов Московской областной думы, возглавлял список регионального отделения партии "Правое дело" в Московской области. Избран не был, так как партия не преодолела 7-процентный барьер (2,70%).
В январе 2012 г. стал одним из инициаторов создания при поддержке Ассоциации юристов России общественной организации "Корпус наблюдателей "За чистые выборы". Члены корпуса получили мандаты наблюдателей на выборах президента РФ 2012 г. от кандидата на пост главы государства, главы правительства РФ Владимира Путина.
18 сентября 2016 г. Борис Надеждин баллотировался в депутаты Госдумы РФ VII созыва. Он выдвигался от Партии роста (членом партии не был) по Дмитровскому одномандатному округу №118 (Московская область) и по партийному списку (был первым номером в региональной группе №3, Московская область). В Госдуму не прошел. Список партии не преодолел 5-процентный барьер (1,29%), в одномандатном округе Надеждин с результатом 5,45% занял 6 место из 10 кандидатов (депутатский мандат получила Ирина Роднина от "Единой России", 45,25%).
9 сентября 2018 г. участвовал в выборах губернатора Московской области, был выдвинут Партией роста. Занял последнее место из 6 кандидатов (4,36%). Главой региона был избран единоросс Андрей Воробьев (62,52%).
С 2017 г. в качестве эксперта принимал участие в работе временной комиссии Совета Федерации по защите государственного суверенитета и предотвращению вмешательства во внутренние дела РФ.
С 2019 г. - депутат совета депутатов городского округа "Долгопрудный" Московской области. Был избран 8 сентября 2019 г. от партии "Справедливая Россия" (с 2021 г. - "Справедливая Россия - Патриоты - За правду", СРЗП) по многомандатному округу №2, получив 24,48% голосов. Одновременно на выборах возглавлял партийный список справороссов (в партии не состоял). Руководитель фракции СРЗП в горсовете.
В марте 2020 г. подписал обращение к гражданам России против принятия поправок к Конституции РФ, предложенных президентом Владимиром Путиным.
19 сентября 2021 г. баллотировался в Госдуму РФ VIII созыва по Дмитровскому одномандатному округу №118 (Московская область) от СРЗП. Занял второе место с результатом 17,12%, уступив кандидату от "Единой России" Ирине Родниной (40,89%).
В июле 2023 г. выдвигался от партии "Гражданская инициатива" на выборы губернатора Московской области. Однако Мособлизбирком отказал Надеждину в регистрации, так как он не смог собрать в свою поддержку необходимое количество подписей муниципальных депутатов.
31 октября 2023 г. политсовет партии "Гражданская инициатива" одобрил выдвижение Бориса Надеждина кандидатом от партии на выборы президента РФ в 2024 г.
23 декабря 2023 г. VII съезд "Гражданской инициативы" выдвинул Надеждина кандидатом на выборах президента РФ 17 марта 2024 г. Кроме того, съезд одобрил заявление политика на вступление в ряды "Гражданской инициативы".
26 декабря 2023 г. представил в ЦИК пакет документов для выдвижения на выборах главы государства. 8 февраля 2024 г. Центризбирком отказал Надеждину в регистрации кандидатом в президенты РФ из-за большого процента брака в предоставленных подписях в его поддержку. 21 февраля 2024 г. Верховный суд РФ отклонил иск Надеждина и признал законным отказ ЦИК допустить его до выборов президента РФ.
Входил в общественный научно-методический консультативный совет (2010-2016) и научно-экспертный совет (2018-2020) при Центральной избирательной комиссии РФ. На протяжении многих лет выступал в качестве эксперта различных рабочих групп при Администрации президента РФ, Государственной думе и Совете Федерации РФ, Центризбиркоме, Общественной палате РФ.
Автор подготовленных в МФТИ учебных пособий "Правовые и политические проблемы переходного периода" (1994), "Основы государства и права России" (1999).
Увлекается бардовской песней, постоянно участвует в фестивалях "Физтех-песня", выпустил несколько музыкальных дисков.