Родился 13 ноября 1937 г. родился в Октёмском наслеге (поселке) Орджоникидзевского района Якутии.
В 1961 г. окончил Омский государственный ветеринарный институт (ныне Омский государственный аграрный университет им. П. А. Столыпина), в 1971 г. - Высшую партийную школу при ЦК Коммунистической партии Советского Союза (КПСС).
После окончания института работал главным ветеринарным врачом Жиганского района Якутской АССР.
В 1961-1964 гг. - первый секретарь Жиганского райкома Всесоюзного ленинского коммунистического союза молодежи (ВЛКСМ).
С 1964 по 1966 г. был заведующим отделом комсомольских органов Якутского областного комитета ВЛКСМ.
В 1966-1969 гг. - первый секретарь Якутского городского комитета ВЛКСМ.
С 1971 г. являлся секретарем, с 1973 г. - первым секретарем Верхневилюйского райкома КПСС (Якутия).
В 1975-1979 гг. занимал должность заместителя председателя Совета министров Якутской АССР.
С 1979 по 1985 г. - министр сельского хозяйства Якутской АССР.
В 1985-1989 гг. - секретарь Якутского областного комитета КПСС. Курировал вопросы агропромышленного комплекса республики.
Неоднократно избирался депутатом Верховного Совета (ВС) Якутской АССР. В декабре 1989 г. возглавил президиум ВС Якутской АССР.
В 1990-1991 гг. - председатель Верховного Совета Якутской - Саха Советской Социалистической Республики (ССР).
В 1990 г. на I Съезде народных депутатов РСФСР был избран в состав Конституционной комиссии, подготовившей проект Конституции РФ 1993 г.
20 декабря 1991 г. Михаил Николаев победил на выборах президента Якутской - Саха ССР. За него проголосовали 76,7% избирателей. Второе место на выборах занял заместитель председателя Совета министров республики Иван Черов (7,3%). 27 декабря 1991 г. состоялась инаугурация избранного президента. В этот же день регион был переименован в Республику Саха (Якутия).
Одновременно с февраля 1992 г. по май 1993 г. Михаил Николаев возглавлял правительство республики.
В 1993-2010 гг. - член Совета Федерации Федерального собрания РФ. 12 декабря 1993 г. был избран депутатом Совфеда РФ по Якутскому двухмандатному избирательному округу №14. С 1996 по 2002 г. входил в верхнюю палату российского парламента по должности (в качестве главы республики). В 2002 и 2007 гг. был наделен полномочиями члена Совета Федерации РФ от исполнительного органа власти Республики Саха (Якутия). В 1996-2001 гг. занимал должность заместителя председателя комитета СФ по делам Федерации, Федеративному договору и региональной политике. В 2002-2010 гг. - заместитель председателя Совфеда РФ.
22 декабря 1996 г. Михаил Николаев вновь был избран президентом Якутии (баллотировался от группы избирателей г. Якутска), получив поддержку 58,96% голосов избирателей. Его ближайший соперник, депутат Палаты республики местного парламента Артур Алексеев (Народно-патриотический союз), набрал 25,46%. 29 декабря того же года Михаил Николаев принял присягу.
В 2010-2011 гг. занимал должность государственного советника Республики Саха (Якутия).
В 2011-2016 гг. - депутат Государственной думы РФ VI созыва. 4 декабря 2011 г. был избран в Госдуму по списку партии "Единая Россия" (баллотировался под третьим номером региональной группы №14, Якутия). Входил в партийную фракцию, комитет Госдумы по региональной политике и проблемам Севера и Дальнего Востока.
После окончания депутатских полномочий в октябре 2016 г. Михаил Николаев вновь был назначен государственным советником Якутии.
Скончался 5 августа 2023 г. С 5 по 8 августа включительно в Якутии был объявлен траур. Михаил Николаев похоронен в родном селе Октемцы (Якутия).
Был награжден орденами Трудового Красного Знамени (1973), Дружбы народов (1986), "За заслуги перед Отечеством" II, III, IV степеней (2000, 1996, 2008). Был отмечен благодарностями президента РФ (1996, 2013).
Имел орден "Полярная Звезда" (высшая награда Якутии, 2007).
Заслуженный работник народного хозяйства Якутской АССР (1987).
Почетный гражданин Республики Саха (Якутия).
Почетный доктор Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова, Российского государственного педагогического университета им. А. И. Герцена, Российской экономической академии им. Г. В. Плеханова и др.
Выпустил книгу "Арктика: боль и надежда России" (1994).