Родился 23 марта 1964 г. в г. Дунаевцы Хмельницкой области Украинской ССР (ныне Украина) в семье военнослужащего. Его отец служил в ракетных войсках стратегического назначения, имел звание полковника, мать была по образованию инженером.
В 1985 г. Геннадий Семигин с отличием окончил Рижское высшее военно-политическое училище им. Маршала Советского Союза С. С. Бирюзова, в 1993 г. - Московский юридический институт по специальности "правоведение", в 1999 г. - Финансовую академию при правительстве РФ по специальности "экономист по банковскому делу международных финансовых валютных операций".
В 1993 г. в Российской академии управления защитил диссертацию на соискание степени кандидата политических наук по теме "Социальное партнерство как фактор политической стабилизации российского общества".
Доктор политических наук. В 1996 г. в Институте социально-политических исследований защитил диссертацию на тему "Социальное партнерство в современном мире".
В 1985-1990 гг. служил политработником в командно-измерительном пункте космической связи Министерства обороны СССР (г. Щелково Московской области).
С 1990 г. занимался предпринимательской деятельностью. Основал исследовательскую и консультационную компанию "Центр экономики", а также Российский акционерный концерн "АКРОС".
В мае 1991 г. учредил Российскую финансово-промышленную группу (РФПГ), которая объединила около 20 частных коммерческих структур, работавших в сфере финансов, строительства, недвижимости, торговли и др. Руководил РФПГ до 1996 г.
В 1991 г. выступил одним из создателей Конгресса российских деловых кругов (КРДК), который возглавил глава правительства РСФСР Иван Силаев. Наряду с руководителем Госкомимущества Михаилом Малеем занимал пост вице-президента КРДК. После перерегистрации конгресса Геннадий Семигин одновременно стал председателем его правления.
В сентябре 1991 г. был включен в состав Совета по предпринимательству при президенте СССР Михаиле Горбачеве. В марте 1992 г. вошел в Совет по предпринимательству при президенте РФ Борисе Ельцине, а после упразднения этого консультативного органа в том же году - в состав Совета по развитию предпринимательства при правительстве РФ (упразднен в 1994 г.).
В ноябре 1991 г. был назначен советником вице-президента РСФСР Александра Руцкого по вопросам развития рыночных структур и предпринимательской деятельности.
В 1990-х гг. входил в состав правления Российского союза промышленников и предпринимателей. Был членом Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.
В 1993 г. являлся участником общественного объединения "Круглый стол бизнеса России", созданного по инициативе предпринимателя, банкира Ивана Кивелиди.
В 1994 г. - член правления клуба "Реалисты", в который входил ряд политических и общественных деятелей во главе с Юрием Петровым, руководителем Администрации президента РФ в 1991-1993 гг.
В октябре 1995 г. зарегистрировал ООО "Национальный общественно-научный фонд" (НОНФ) по "содействию развитию науки". В 1996-1999 гг. - президент НОНФ.
В 1996 г. основал автономную некоммерческую организацию "Центр защиты экономических и социальных прав граждан". Также выступил учредителем нескольких аудиторских и юридических компаний (ЗАО "Юрконсалтингаудит", ЗАО "Республиканская юридическая группа" и др.).
В 1999-2003 гг. – депутат Государственной думы РФ III созыва, в 2000-2003 гг. – вице-спикер нижней палаты парламента. 19 декабря 1999 г. избран в Госдуму по федеральному списку КПРФ (№7 общефедеральной части списка), при этом членом партии не являлся. В Думе вошел в Агропромышленную депутатскую группу, которой руководил Николай Харитонов (делегирован в группу от компартии), стал одним из двух ее сопредседателей. 19 января 2000 г. был избран заместителем председателя Госдумы Геннадия Селезнева (фракция КПРФ).
В июне 2000 г. был избран сопредседателем и председателем исполкома Народно-патриотического союза России (НПСР; образован в 1996 г. под эгидой КПРФ рядом оппозиционных партий и движений, председатель до 2004 г. - лидер КПРФ Геннадий Зюганов).
В 2002-2005 гг. - директор Института сравнительной политологии Российской академии наук (до 1990 г. - Институт международного рабочего движения).
В первой половине 2000-х гг. являлся основным владельцем (доля 97,74%) торговой фирмы "Республиканский инвестиционно-промышленный консорциум "С-групп".
В 2003 г. основал издательский холдинг "Родная газета", который в 2003-2007 гг. выпускал "Родную газету", "Политический журнал" и ряд других изданий.
В январе 2003 г. в газетах "Завтра" и "Советская Россия" была опубликована статья Александра Проханова и Валентина Чикина "Операция "Крот". В ней главные редактора оппозиционных газет обвинили Геннадия Семигина в сотрудничестве с Администрацией президента РФ и в участии в планах властей по расколу народно-патриотических сил перед парламентскими выборами 2003 г. 18 января 2003 г. президиум ЦК КПРФ подверг резкой критике деятельность Семигина в НПСР. В частности, его обвиняли в создании в структуре союза "кабинета министров НПСР", кандидатуры в который он подбирал единолично. По словам критиков, исполком НПСР во главе с Семигиным взял на себя функции высшего органа организации - координационного совета.
Несмотря на противоречия с руководством компартии, в сентябре 2003 г. Геннадий Семигин был официально принят в КПРФ и включен в число ее кандидатов на предстоящих парламентских выборах.
В 2003-2007 гг. - депутат Госдумы РФ IV созыва. 7 декабря 2003 г. был избран по Хакасскому одномандатному округу №31 от КПРФ (48,41% голосов). С 16 января 2004 г. - член комитета по Регламенту и организации работы Государственной думы. До 2004 г. - член фракции КПРФ. 13 декабря 2006 г. вошел в думскую фракцию Сергея Бабурина "Народно-патриотический союз "Родина", 15 декабря занял пост лидера фракции вместо Бабурина.
В декабре 2003 г. сторонники Семигина пытались выдвинуть его в качестве кандидата от КПРФ на президентских выборах в марте 2004 г. Однако съезд партии, по инициативе Геннадия Зюганова, поддержал выдвижение первого зампредседателя комитета Госдумы по аграрным вопросам Николая Харитонова (за него проголосовали 128 делегатов, за Семигина - 105). В ответ Геннадий Семигин заявил о решении инициировать создание "широкой левой коалиции".
В январе 2004 г. руководство КПРФ обвинило Геннадия Семигина в "подкупе секретарей ряда местных парторганизаций" с целью выдвижения кандидатом в президенты, а также в попытке "приватизации" партии. 18 мая того же года он был исключен из КПРФ с формулировкой "за раскольническую деятельность" и на следующий день вышел из состава думской фракции коммунистов. В июле 2004 г. Семигин заявил об исключении представителей компартии из руководства НПСР. 3 июля вместе со своими сторонниками предпринял попытку провести альтернативный съезд КПРФ, целью которого было отстранение от руководства партией Геннадия Зюганова. Однако законность этого съезда не была признана Минюстом РФ.
Весной 2004 г. по инициативе Геннадия Семигина несколько партий и движений левой ориентации провели в Москве Конгресс патриотов России (Российская партия пенсионеров Валерия Гартунга, Партия возрождения России Геннадия Селезнева и др.). В том же году на базе конгресса было учреждено движение "Патриоты России", затем - одноименная коалиция, координационный совет которой возглавил Геннадий Семигин (НПСР вошел в коалицию).
20 апреля 2005 г. на основе коалиции была учреждена политическая партия "Патриоты России". Геннадий Семигин был избран ее председателем. Возглавлял партию до февраля 2021 г., до ее ликвидации и объединения с партиями "Справедливая Россия" Сергея Миронова и "За правду" Захара Прилепина.
На выборах в Госдуму V и VI созывов в 2007 и 2011 гг. Геннадий Семигин баллотировался по списку "Патриотов России". В Думу не прошел, так как его партия не преодолела 7-процентный избирательный барьер (2007 г. - 0,89%, 2011 г. - 0,97%).
1 марта 2009 г. был избран депутатом Верховного совета Хакассии (на выборах возглавлял список "Патриотов России"), но от мандата отказался.
В конце 2000-х гг. руководил ученым советом автономной некоммерческой организации "Институт развития права и судебной практики".
В 2008-2013 гг. владел инвестиционной компанией "Универс-инвест", в 2008-2014 гг. – юридической компанией "Юр-актив".
18 сентября 2016 г. баллотировался в Государственную думу РФ VII созыва по списку "Патриотов России" (первый номер общей части списка) и по Дивногорскому одномандатному округу №56 (Красноярский край). В Думу не прошел. Список партии не преодолел 5-процентный барьер (0,59%). В одномандатном округе Геннадий Семигин занял четвертое место, набрав 8,7% (победу одержал кандидат от "Единой России" Виктор Зубарев).
С 22 февраля 2021 г. - сопредседатель партии "Справедливая Россия - Патриоты - За правду" (переизбран 20 мая 2023 г.). Одновременно с февраля 2021 г. является председателем и членом президиума центрального совета партии. Председателем объединенной партии стал Сергей Миронов, вторым сопредседателем и главой палаты депутатов - Захар Прилепин.
С 2021 г. - депутат Государственной думы РФ VIII созыва. Был избран 19 сентября 2021 г. по списку партии "Справедливая Россия - Патриоты - За правду". Баллотировался под третьим номером общефедеральной части федерального списка СРЗП.
С сентября 2021 г. - первый заместитель руководителя фракции "Справедливая Россия - За правду" Сергея Миронова.
С 12 октября 2021 г. - председатель комитета Госдумы РФ по делам национальностей.
Член Совета при президенте РФ по межнациональным отношениям (с 2023 г.).
Полковник запаса.
Лауреат Государственной премии РФ 2003 г. в области науки и техники "за разработку научной концепции и создание "Новой философской энциклопедии" (2004).
Автор книг "Социальное партнерство в современном мире" (1996), "Российские политико-правовые доктрины" (2005), "Социальная справедливость и право" (2008).
Женат, имеет двух дочерей и сына.
В юности занимался плаванием, теннисом, боксом, дзюдо. Мастер спорта по каратэ (1982).