Родился 23 марта 1964 г. в г. Дунаевцы Хмельницкой области Украинской ССР (ныне Украина) в семье военнослужащего.
В 1985 г. с отличием окончил Рижское высшее военно-политическое училище им. Маршала Советского Союза С. С. Бирюзова, в 1993 г. - Московский юридический институт по специальности "правоведение", в 1999 г. - Финансовую академию при правительстве РФ по специальности "экономист по банковскому делу международных финансовых валютных операций".
Доктор политических наук. В 1993 г. в Российской академии управления защитил диссертацию на соискание степени кандидата политических наук по теме "Социальное партнерство как фактор политической стабилизации российского общества". В 1996 г. в Институте социально-политических исследований защитил докторскую диссертацию по теме "Социальное партнерство в современном мире".
В 1985-1990 гг. служил в командно-измерительном пункте космической связи Министерства обороны СССР (г. Щелково Московской области).
В 1990-х гг. основал исследовательскую и консультационную компанию "Центр экономики", концерн "Акрос", Российскую финансово-промышленную группу (РФПГ), которой руководил до 1996 г.
В 1991 г. выступил одним из создателей Конгресса российских деловых кругов (КРДК), был вице-президентом КРДК. После перерегистрации конгресса одновременно стал председателем его правления.
В сентябре 1991 г. был включен в состав Совета по предпринимательству при президенте СССР Михаиле Горбачеве. В марте 1992 г. вошел в Совет по предпринимательству при президенте РФ Борисе Ельцине, а после упразднения этого консультативного органа в том же году - в состав Совета по развитию предпринимательства при правительстве РФ (упразднен в 1994 г.).
В ноябре 1991 г. был назначен советником вице-президента РСФСР Александра Руцкого по вопросам развития рыночных структур и предпринимательской деятельности.
В 1990-х гг. входил в состав правления Российского союза промышленников и предпринимателей. Был членом трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.
В 1993 г. являлся участником общественного объединения "Круглый стол бизнеса России". В 1994 г. был членом правления клуба "Реалисты".
В 1995-1999 гг. - основатель, президент Национального общественно-научного фонда. Был также учредителем автономной некоммерческой организации "Центр защиты экономических и социальных прав граждан" (1996), ряда аудиторских и юридических компаний.
В 1999-2003 гг. – депутат Государственной думы РФ III созыва, в 2000-2003 гг. – вице-спикер нижней палаты парламента. 19 декабря 1999 г. был избран в Госдуму по федеральному списку КПРФ (№7 общефедеральной части списка), при этом членом партии не являлся. В Думе вошел в Агропромышленную депутатскую группу, которой руководил Николай Харитонов (делегирован в группу от компартии), стал одним из двух ее сопредседателей. 19 января 2000 г. был избран заместителем председателя Госдумы Геннадия Селезнева (фракция КПРФ).
В июне 2000 г. был избран сопредседателем и председателем исполкома Народно-патриотического союза России (НПСР; образован в 1996 г. под эгидой КПРФ рядом оппозиционных партий и движений, председатель до 2004 г. - лидер КПРФ Геннадий Зюганов).
В 2002-2005 гг. - директор Института сравнительной политологии Российской академии наук.
В 2003 г. основал издательский холдинг "Родная газета".
В 2003-2007 гг. - депутат Госдумы РФ IV созыва. Был избран 7 декабря 2003 г. по Хакасскому одномандатному округу №31 от КПРФ (48,41% голосов). С 16 января 2004 г. - член комитета по регламенту и организации работы Государственной думы. До 2004 г. - член фракции КПРФ. 13 декабря 2006 г. вошел в думскую фракцию Сергея Бабурина "Народно-патриотический союз "Родина", 15 декабря занял пост лидера фракции вместо Бабурина.
В конце 2003 г. - начале 2004 г. в рядах КПРФ произошел раскол между сторонниками лидера компартии Геннадия Зюганова и председателя исполкома Народно-патриотического союза России, члена КПРФ Геннадия Семигина. В результате весной 2004 г. Геннадий Семигин вышел из КПРФ и сообщил об учреждении нового политического союза. В марте 2004 г. состоялся Конгресс патриотов России, в котором приняли участие несколько партий и общественных объединений. Конгресс стал основой для создания движения "Патриоты России". 30 октября 2004 г. на базе движения была сформирована одноименная коалиция, куда вошли Партия возрождения России, Российская партия труда, Союз людей за образование и науку и др. 20 апреля 2005 г. на основе коалиции была учреждена политическая партия "Патриоты России".
В 2005-2021 гг. - председатель партии "Патриоты России".
На выборах в Госдуму РФ V и VI созывов в 2007 и 2011 гг. Геннадий Семигин баллотировался по списку "Патриотов России". В Думу не прошел, так как его партия не преодолела 7-процентный избирательный барьер (2007 г. - 0,89%, 2011 г. - 0,97%).
1 марта 2009 г. был избран депутатом Верховного совета Хакассии (на выборах возглавлял список "Патриотов России"), но от мандата отказался.
В конце 2000-х гг. руководил ученым советом автономной некоммерческой организации "Институт развития права и судебной практики".
18 сентября 2016 г. баллотировался в Государственную думу РФ VII созыва по списку "Патриотов России" (возглавлял список партии) и по Дивногорскому одномандатному округу №56 (Красноярский край). В Думу не прошел. Список партии не преодолел 5-процентный барьер (0,59%). В одномандатном округе Геннадий Семигин занял четвертое место, набрав 8,7% (победу одержал кандидат от "Единой России" Виктор Зубарев).
В 2021 г. "Патриоты России" объединились со "Справедливой Россией" Сергея Миронова и "За правду" Захара Прилепина в партию "Справедливая Россия - Патриоты - За правду" (СРЗП). Партия "Патриоты России" как самостоятельное политобъединение была ликвидирована.
С 22 февраля 2021 г. - сопредседатель партии "Справедливая Россия - Патриоты - За правду" (переизбран 20 мая 2023 г.). Одновременно с февраля 2021 г. является председателем и членом президиума центрального совета партии. Председатель партии - Сергей Миронов, второй сопредседатель и глава палаты депутатов - Захар Прилепин.
С 2021 г. - депутат Государственной думы РФ VIII созыва. Был избран в Госдуму 19 сентября 2021 г. по списку партии "Справедливая Россия - Патриоты - За правду". Баллотировался под третьим номером общефедеральной части федерального списка СРЗП.
С сентября 2021 г. - первый заместитель руководителя фракции "Справедливая Россия - За правду" Сергея Миронова.
С 12 октября 2021 г. - председатель комитета Госдумы РФ по делам национальностей.
Член Совета при президенте РФ по межнациональным отношениям (с 2023 г.).
Награжден орденом Дружбы (2023).
Лауреат Государственной премии РФ 2003 г. в области науки и техники "за разработку научной концепции и создание "Новой философской энциклопедии" (2004).
Автор книг "Российские политико-правовые доктрины" (2005), "Социальная справедливость и право" (2008), соавтор сборника "Судебная власть в России: история, документы" и др.