Родился 22 октября 1969 г. в Ленинграде (ныне – Санкт-Петербург).
В 1991 г. окончил Высшее политическое училище Внутренних войск МВД СССР им. 60-летия ВЛКСМ, в 1998 г. - юридический факультет Санкт-Петербургского государственного университета.
С 1987 г. служил в частях внутренних войск МВД СССР и РФ, выполнял служебные задания в зонах межнациональных столкновений и вооруженных конфликтов - Фергане, Баку, Нагорном Карабахе, Сухуми, Тбилиси.
В 1999-2000 гг. - помощник депутата Государственной думы РФ III созыва Сергея Степашина, заместитель руководителя его общественной приемной в Санкт-Петербурге.
В 2001-2003 гг. - помощник председателя Совета Федерации Федерального собрания РФ Сергея Миронова. Также являлся заместителем руководителя секретариата Совета Межпарламентской ассамблеи государств - участников СНГ.
С декабря 2003 г. по август 2008 г. - заместитель руководителя аппарата Совета Федерации РФ.
С августа 2008 г. по ноябрь 2011 г. - первый заместитель руководителя аппарата Совета Федерации РФ.
В 2011-2018 гг. занимал должность помощника генерального прокурора РФ по особым поручениям, занимался вопросами обеспечения деятельности центрального аппарата органов прокуратуры, а также организации официальных мероприятий, в том числе международного уровня (с 2006 г. пост генпрокурор РФ занимает Юрий Чайка).
24 июля 2018 г. Алексей Серко назначен статс-секретарем - заместителем министра РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий (МЧС России) Евгения Зиничева.
Член Совета при президенте РФ по делам казачества (с августа 2022 г.).
Общая сумма декларированного годового дохода за 2017 г. составила2 млн 269 тыс. руб., супруги – 404 тыс. руб.
Действительный государственный советник РФ I класса (2004).
Генерал-лейтенант (2021).