Родился 11 августа 1951 г. в селе Увелье (Красногорский район Брянской области) в семье Михаила Елисеевича и Полины Наумовны Шаболтай.
В 1970 г. окончил музыкальное отделение Клинцовского педагогического училища (ныне Клинцовский индустриально-педагогический колледж, Брянская обл.).
В 1970-х гг. проходил срочную службу в Ансамбле песни и пляски Московского военного округа. Оставшись на сверхсрочную службу, стал старшиной ансамбля.
В 1980 г. окончил в Москве Государственный институт театрального искусства им. А. В. Луначарского (ныне Российский институт театрального искусства - ГИТИС) по специальности "Режиссура эстрады и массовых представлений". В 2000 г. в этом же вузе защитил диссертацию кандидата искусствоведения на тему "Проблемы развития отечественной эстрады: 1917-1929".
В первой половине 1980-х гг. Петр Шаболтай занимал должность заместителя начальника управления театров в Главном управлении культуры исполкома Моссовета.
В 1985-2001 гг. являлся художественным руководителем - директором Государственного центрального концертного зала "Россия" (Москва). Участвовал в создании многих театрализованных представлений и концертных программ.
С 2001 г. по н. в. Петр Шаболтай занимает должность генерального директора - художественного руководителя Государственного Кремлевского дворца (ГКД). В годы его руководства была произведена техническая реконструкция ГКД, установлены современные системы светового и звукового оборудования.
В 2000-х гг. Петр Шаболтай преподавал на кафедре эстрадного искусства ГИТИСа. Был профессором вуза, руководителем мастерской.
Президент Международного союза деятелей эстрадного искусства.
Автор книг "Эстрада по обе стороны Москвы-реки" (2006), "Старая золотая эстрада глазами очевидцев" (2010), "Потомки скоморохов. Думы о былом и нынешнем" (2011), "И в мире нет прекрасней этой сцены..." (2015).
Заслуженный деятель искусств России (1994). Народный артист РФ (2002).
Награжден орденами Дружбы (1998), Почета (2005) и "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2011), медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" I степени (2006). Отмечен Почетной грамотой (2010) и благодарностью (2020) президента РФ.