Родился 30 апреля 1956 г. в г. Симферополе Крымской области Украинской ССР (ныне Республика Крым, РФ) в семье военнослужащего. Его отец был военным летчиком, затем, после увольнения из армии, работал председателем колхоза в Кабардино-Балкарии.
Образование, ученые степени
В 1978 г. Сергей Шахрай окончил юридический факультет Ростовского государственного университета (ныне Южный федеральный университет), в 1982 г. – аспирантуру юридического факультета Московского государственного университета (МГУ) им. М. В. Ломоносова, в 2004 г. - Финансовую академию при правительстве РФ.
Доктор юридических наук. В 1981 г. на юридическом факультете МГУ защитил кандидатскую диссертацию по теме "Влияние федеративной природы ЧССР на организацию и деятельность Федерального собрания". В 2001 г. в Санкт-Петербургском университете МВД России защитил докторскую диссертацию по теме "Федерализм и конституционное правосудие (проблемы теории, методологии и практики)".
Начало работы в МГУ, народный депутат РСФСР
В 1982-1987 гг. - ассистент, с 1987 по 1990 г. - заведующий лабораторией правовой информатики и кибернетики юридического факультета МГУ.
С 1988 по 1991 г. - член Коммунистической партии Советского Союза.
В 1990-1992 гг. - народный депутат РСФСР. 18 марта 1990 г. Сергей Шахрай был избран депутатом по Центральному избирательному округу №10 Московской области. Входил в депутатские группы "Смена", "Коммунисты России", "Левый центр". В 1990-1991 гг. был председателем комитета Верховного совета (ВС) РСФСР по законодательству. На I съезде народных депутатов РСФСР (май - июнь 1990 г.) неоднократно выдвигался председателем ВС республики Борисом Ельциным на должность заместителя председателя Верховного совета, но ни разу не набрал необходимого количества голосов. В июле 1991 г. на V внеочередном съезде народных депутатов РСФСР баллотировался на освободившийся пост председателя ВС РСФСР (после избрания Ельцина президентом республики). По итогам голосования занял третье место после Сергея Бабурина и Руслана Хасбулатова, получив 124 голоса.
Государственная и политическая деятельность
19 июля 1991 г. Сергей Шахрай был назначен президентом России Борисом Ельциным государственным советником по правовой политике, курирующим министерство юстиции, Агентство федеральной безопасности, МВД и Госкомитет по национальной политике. Занимал этот пост до 15 июня 1992 г. Одновременно в декабре 1991 г. – апреле 1992 г. возглавлял государственно-правовое управление администрации президента.
7-8 декабря 1991 г. в резиденции Вискули (Беловежская пуща, Белоруссия) совместно с государственным секретарем РФ Геннадием Бурбулисом, министром иностранных дел Андреем Козыревым и заместителем председателя правительства Егором Гайдаром участвовал в переговорах руководителей России, Белоруссии и Украины о ликвидации СССР и образовании СНГ. Входил в рабочую группу, подготовившую окончательный текст т. н. (Беловежского соглашения, подписанного 8 декабря 1991 г.
В 1991-1996 гг. с перерывами занимал пост заместителя председателя правительства РФ в кабинетах Бориса Ельцина, Егора Гайдара (и. о. премьера) и Виктора Черномырдина. С 12 декабря 1991 г. по 20 апреля 1992 г. - заместитель председателя правительства РФ - государственный советник по правовой политике. В 1992 г. представлял российскую сторону на переговорах с бывшими союзными республиками по проблемам статуса российских войск и военных пенсионеров на территориях этих государств, руководил государственной делегацией РФ на переговорах с Украиной о статусе Черноморского флота.
С 23 мая по 30 ноября 1992 г. вместе с Геннадием Бурбулисом и Михаилом Федотовым являлся представителем президента при рассмотрении в Конституционном суде т. н. дела КПСС (о конституционности указов Бориса Ельцина о приостановке деятельности и роспуске компартий СССР и РСФСР).
С 11 ноября 1992 г. по 18 января 1996 г. – член Совета безопасности РФ.
С 25 ноября 1992 г. по 20 января 1994 г. – зампред правительства - председатель Государственного комитета РФ по национальной политике (с 10 января 1994 г. - Министерство РФ по делам национальностей и региональной политике). Сменил на посту руководителя госкомитета Валерия Тишкова.
В ноябре - декабре 1992 г. являлся главой Временной администрации в зоне осетино-ингушского конфликта. С 17 декабря 1992 г. обеспечивал взаимодействие госорганов и Временной администрации по реализации режима чрезвычайного положения в Северо-Осетинской ССР и Ингушской Республике.
С 20 января по 16 мая 1994 г. занимал пост министра РФ по делам национальностей и региональной политике. В 1994-1998 гг. участвовал в подготовке договоров о разграничении полномочий между федеральным центром и субъектами РФ.
В 1993 г. Сергей Шахрай совместно с председателем совета Исследовательского центра частного права при президенте РФ Сергеем Алексеевым разработал т. н. президентский проект Конституции РФ, в котором высшее должностное лицо получало статус гаранта основного закона и арбитра в спорах ветвей власти и регионов. 6 мая 1993 г. Шахрай был назначен официальным представителем Бориса Ельцина в конституционной комиссии Съезда народных депутатов РФ. 2 июня 1993 г. занял пост представителя правительства в Конституционном совещании. Проект основного закона, подготовленный Шахраем и Алексеевым, был доработан на Конституционном совещании и принят на всенародном голосовании 12 декабря 1993 г. в качестве Конституции Российской Федерации.
17 октября 1993 г. на учредительном съезде Партии российского единства и согласия (ПРЕС) Сергей Шахрай был избран ее лидером и членом федерального совета (вместе с Александром Шохиным, Рамазаном Абдулатиповым, Сергеем Станкевичем и др.). С 27 февраля 1994 г. был председателем федерального совета ПРЕС (в мае 2000 г. ПРЕС вошла в состав партии "Единство", ныне "Единая Россия").
В 1993-1995 гг. - депутат Государственной думы РФ I созыва. 12 декабря 1993 г. был избран в нижнюю палату парламента по федеральному списку ПРЕС (партия набрала 6,73%). В 1993-1995 гг. был председателем партийной фракции.
Одновременно с 7 апреля 1994 г. по 5 января 1996 г. занимал пост вице-премьера в правительстве РФ, курировал министерства по делам национальностей и региональной политике, юстиции, а также вопросы деятельности средств массовой информации.
Весной 1995 г. участвовал в создании пропрезидентского движения "Наш дом - Россия" (НДР) во главе с премьер-министром Виктором Черномырдиным. 30 августа 1995 г. объявил о выходе из НДР, "чтобы сохранить свою партию".
В 1995-1997 гг. - депутат Государственной думы РФ II созыва. Был избран 17 декабря 1995 г. по Пролетарскому одномандатному округу №145 (Ростовская область). Набрал 27,93% голосов избирателей. В 1996-1997 гг. - член комитетов по регламенту и организации работы Госдумы, по делам женщин, семьи и молодежи. Входил в депутатскую группу "Российские регионы". Депутатские полномочия Сергея Шахрая были прекращены досрочно 22 января 1997 г. в связи с его переходом на работу в Администрацию президента РФ.
С 7 декабря 1996 г. по 29 июня 1998 г. - полномочный представитель президента в Конституционном суде РФ. Сменил на этом посту Михаила Митюкова.
В 1997-2000 гг. Сергей Шахрай входил в совет директоров медиахолдинга "Газпром-медиа". Также некоторое время был одним из руководителей акционерной финансовой корпорации "Система" Владимира Евтушенкова.
В 1998-1999 гг. - советник председателя правительства РФ Евгения Примакова по юридическим вопросам.
19 декабря 1999 г. баллотировался в Госдуму III созыва по Кунгурскому одномандатному округу №138 (Пермская область) в качестве независимого кандидата. В Думу не прошел, занял второе место в округе (22,4%), уступив представителю блока "Отечество - Вся Россия" Сергею Чикулаеву (30,85%).
В мае 2000 г. Сергей Шахрай был избран членом президиума политсовета партии "Единство". В сентябре 2000 г. стал заместителем председателя координационного совета партии в Уральском федеральном округе.
Работа в Счетной палате РФ, научная и преподавательская деятельность
С 22 ноября 2000 г. – заместитель руководителя аппарата Счетной палаты РФ, с 12 ноября 2004 г. по 1 октября 2013 г. - руководитель аппарата Счетной палаты.
Одновременно в 2002-2004 гг. - директор Государственного научно-исследовательского института системного анализа Счетной палаты, позднее являлся его научным руководителем.
С начала 2000-х гг. был профессором кафедры правовых основ управления Международного института управления МГИМО МИД России.
С 2006 г. занимал должность научного руководителя, затем декана (с 2014 г.), президента Высшей школы аудита МГУ им. М. В. Ломоносова.
В 2013-2017 гг. одновременно был проректором МГУ им. М. В. Ломоносова, курировал реализацию международного проекта по созданию совместного российско-китайского университета в Китае. Был первым проректором российско-китайского университета МГУ-ППИ в Шэньчжэне (КНР).
С 2023 г. - директор центра развития международных научно-образовательных кампусов Института образования Национального исследовательского университета "Высшая школа экономики" (НИУ ВШЭ).
Участие в коллегиальных органах
Председатель наблюдательного совета Национальной федерации бадминтона России (с мая 2005 г.).
Член Совета по внешней и оборонной политике.
Был членом советов при президенте РФ по кадровой политике (1994), по вопросам совершенствования правосудия (1997-2000), по развитию физической культуры и спорта (2008-2012), научного совета при Совете безопасности РФ (с 2011 г.).
Награды, звания, личные сведения
Действительный государственный советник РФ I класса (1997).
Награжден орденами "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2008), Дружбы (2014), медалью "Защитнику свободной России" (1994). Дважды отмечен Почетной грамотой (2006, 2010) и пять раз благодарностью (1995, 1996, 1997, 1998, 2011) президента РФ.
Заслуженный юрист РФ (1995).
Лауреат премии "Юрист года" в номинации "Юридическое образование и воспитание" (2011).
Автор книг "Глобализация и правовая система России" (2003), "Неизвестная конституция" (2013) и других, а также ряда учебных пособий по конституционному праву.