Родился 24 августа 1964 г. в г. Узген Ошской области Киргизской ССР (ныне Киргизская Республика).
В 1982 г. окончил в Андижане (Узбекская ССР, ныне Республика Узбекистан) профессионально-техническое училище, получив специальность бухгалтера. В дальнейшем стал выпускником Харьковского высшего военного авиационного училища летчиков им. С. И. Гривцева (1987, специальность - "командная тактическая истребительная авиация") и, заочно, факультета аэрокосмоэкологии Государственной академии нефти и газа (1995, ныне Российский государственный университет нефти и газа им. И. М. Губкина, Москва).
После техникума был призван на срочную службу в Вооруженные силы СССР, зачислен в авиачасть в Приморском крае. Во время службы принял решение стать военным летчиком, поступил в училище. В 1987-1990 гг. был летчиком-инструктором одного из полков в Среднеазиатском военном округе. Общий налет на самолетах различных типов - 950 часов.
В 1990 г. был отобран в отряд космонавтов от Центра подготовки космонавтов ВВС, в 1990-1992 гг. получил общекосмическую подготовку. 11 марта 1992 г. получил квалификацию космонавта-испытателя. В 1997-1998 гг. прошел подготовку в Космическом центре им. Л. Джонсона (шт. Техас, США).
Совершил два космических полета общей продолжительностью 201 сутки 14 часов 49 минут. В первый раз летал в космос 23-31 января 1998 г. в составе экспедиции STS-89 на американском шаттле "Индевор". Был специалистом полета, в ходе которого была осуществлена стыковка с российской орбитальной станцией "Мир". Второй полет состоялся 14 октября 2004 г. - 25 апреля 2005 г. Был командиром корабля "Союз ТМА-5" и бортинженером 10-й экспедиции на Международную космическую станцию (МКС). В ходе этого полета совершил два выхода в открытый космос общей продолжительностью 10 часов.
В октябре 2005 г. - мае 2006 г. был представителем Центра подготовки космонавтов им. Ю. А. Гагарина (ЦПК, Звездный Городок, Московская обл.) в Космическом центре им. Л. Джонсона.
Планировалось, что в 2008-2009 гг. Салижан Шарипов совершит третий полет на "Союз ТМА-13" в рамках очередной экспедиции на МКС, но в мае 2008 г. он был выведен из состава экипажа по медицинским показателям.
В июле 2008 г. был назначен начальником отделения 1-го управления ЦПК. В настоящее время занимает должность заместителя начальника образовательно-исторического комплекса и руководителем молодежного образовательного космоцентра ЦПК.
Имеет воинское звание полковника (2000).
Герой РФ (2005), летчик-космонавт Российской Федерации (1998).
Также является Героем Киргизской Республики (1998), награжден орденом Узбекистана "За выдающиеся заслуги" (1999).
Почетный профессор Ошского университета (2005), является почетным гражданином Бишкека и Оша. Именем космонавта названы школа в Оше, улицы в селах Падаван и Кайрагач-Арык (Ошская обл.).