Родился 12 августа 1949 г. в Москве в семье служащих.
В 1972 г. окончил факультет энергетического машиностроения Московского высшего технического училища (ныне - Московский государственный технический университет) им. Н. Э. Баумана по специальности "инженер-механик", в 1982 г. - Высшую партийную школу Московского горкома КПСС. В 1987 г., по данным официального сайта ФНПР, получил второе высшее экономическое образование.
С 1967 г. работал в студенческих стройотрядах, стал бригадиром, затем - мастером отряда.
В 1972–1975 гг. работал в Центральном научно-исследовательском институте автоматики и гидравлики (Москва), был профоргом лаборатории.
С 1975 по 1977 г. проходил срочную службу в ракетных войсках стратегического назначения.
В 1977-1986 гг. - ведущий инженер Центрального научно-исследовательского института автоматики и гидравлики. Занимался разработкой и испытаниями ракетной техники, участвовал в создании космической системы "Буран".
В 1986 г. избран председателем Московского городского комитета профсоюза рабочих оборонной промышленности.
С 1988 по 1990 г. являлся председателем бюро центрального комитета профсоюза рабочих оборонной промышленности по руководству профсоюзными организациями в Москве.
В 1990 г. - председатель Московского городского совета профсоюзов.
В 1990 г. на учредительной конференции был избран первым председателем Московской федерации профсоюзов.
С октября 1993 г. - председатель Федерации независимых профсоюзов России. Семь раз (в 1996, 2001, 2006, 2011, 2015, 2019 и 2024 гг.) переизбирался на этот пост.
С 1993 г. - координатор профсоюзной стороны Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.
В 1993-2003 гг. и 2010-2017 гг. - член Административного совета Международной организации труда.
С марта 2004 г. - президент Всеобщей конфедерации профсоюзов (ВКП; переизбирался на эту должность в 2007, 2012 и 2019 гг.).
В 2005-2006 гг. - вице-президент Международной профсоюзной конфедерации.
В 2007-2015 гг. являлся президентом Всеевропейского регионального совета профсоюзов Международной конфедерации профсоюзов.
С ноября 2017 г. входит в центральный штаб "Общероссийского народного фронта" (ОНФ).
Является президентом Института профсоюзного движения Академии труда и социальных отношений и председателем совета попечителей академии. Почетный профессор этой академии.
Член Совета при президенте РФ по стратегическому развитию и национальным проектам (с июля 2018 г.).
Являлся членом Общественной палаты Российской Федерации первого созыва (2005–2007).
С 1994 г. по 1999 г. возглавлял оргкомитет международного хоккейного турнира "Кубок "Спартака".
Является членом президиума Национального гражданского комитета по взаимодействию с правоохранительными, законодательными и судебными органами, президиума Вольного экономического общества России, президиума и совета Всемирного русского народного собора. В 2018 г. Михаил Шмаков был доверенным лицом Владимира Путина на выборах президента РФ.
Награжден орденами "Знак Почета" (1985), "За заслуги перед Отечеством" II, III и IV степеней (2019, 1999, 2009), медалями. Отмечен почетной грамотой президента РФ (2008).
Почетный доктор и председатель совета попечителей Санкт-Петербургского гуманитарного университета профсоюзов.
Соавтор учебного пособия для студентов вузов "Конфликты в трудовых коллективах" и книги "Профсоюзные вести сквозь призму юмора". Автор книг "Профсоюзы России на пороге XXI века", "Без борьбы нет победы!", "За достойный труд!". Руководитель редакционного совета книжной серии "История профсоюзов России", авторского коллектива "Комментария к Трудовому кодексу Российской Федерации". Автор учебных пособий для профсоюзных работников и активистов "ФНПР в меняющемся обществе", "ФНПР в вопросах и ответах".
Женат. Сын - Виктор (род. 1971), бизнесмен.