Родился 18 февраля 1952 г. в г. Зумисвальд (кантон Берн) в семье ветеринара.
В 1977 г. окончил Федеральный технический университет в Цюрихе по специальности инженер-электрик. В 1983 г. получил степень магистра делового администрирования в Европейском институте государственного управления в Фонтенбло (Франция).
В 1978-1981 гг. работал в военном концерне Oerlikon-Bührle.
В 1981 г. перешел в инжиниринговую компанию Ammann-Unternehmungen (в г. Лангенталь), принадлежащую семье его жены, в 1984 - 1989 гг. - генеральный директор компании, с 1990 г. - президент и член правления Ammann Group Holding AG.
В 1998-2010 гг. был членом совета директоров компании по производству часов Swatch Group.
В 1999 г. избран в национальный совет (палата парламента) от Радикальной демократической партии Швейцарии (в настоящее время "Свободная демократическая партия. Либералы"), переизбирался в 2003 и 2007 гг. Был членом комиссии парламента по экономике и налогам.
В 1999-2010 гг. являлся президентом объединения швейцарских производителей машин, электротехники и металлургических продуктов Swissmem. Также в этот период являлся членом правления Торгово-промышленного союза в кантоне Берн и Швейцарского союза работодателей в Германии, вице-президентом объединения работодателей EconomieSuisse.
В 2003-2010 гг. был председателем правления Mikron Technology Group (точные приборы и инструменты).
В 2009 г. назначен почетным советником в Федеральном техническом университете в Цюрихе.
С сентября 2010 г. является членом (советником) Федерального совета Швейцарии (правительство).
В ноябре 2010 г. стал руководителем Федерального департамента (министерство) экономики Швейцарии, с января 2013 г. по январь 2019 г. - Федерального департамента по экономическим вопросам, образованию и исследованиям.
В августе 2014 г. Йоханн Шнайдер-Амман выступил против присоединения Швейцарии к санкциям в отношении России.
В декабре 2014 г. был избран вице-президентом Швейцарии, приступил к обязанностям 1 января 2015 г.
9 декабря 2015 г. утвержден членами Федерального совета (правительства) на пост президента Швейцарии (на 2016 г.). Президент избирается на один год из действующих членов Федерального совета. Функции главы государства выполняют коллективно все члены Федерального совета. Однако голос президента является решающим в обсуждении текущих дел. Вступил в должность 1 января 2016 г., занимал пост до 31 декабря 2016 г.
По данным делового журнала Bilan, Шнайдер-Амман входит в 300 самых богатых граждан Швейцарии, его состояние оценивается в 500-600 млн долларов.
Является (с 2010 г.) почетным гражданином г. Лангенталь (кантон Берн), в котором он проживает.
Женат на Катарине Шнайдер-Амман, двое детей.