В апреле 2014 года начальник московского метрополитена Иван Беседин отметил, что в 2000-2013 годах число сбоев в метро (любых происшествий, приведших к задержкам в движении поездов) сократилось более чем в два раза. В 2000 году было зарегистрировано 4928 таких случаев. В 2008 году произошло 2720 сбоев, в 2009 году - 2680 сбоев, в 2010 году - 2707, в 2011 году - 2262, в 2012 году - 2111 и в 2013 году - 2064 сбоя.
Точную статистику по причинам сбоев метрополитен не публикует. В 2013 году Беседин заявил, что в 2010 году из 2707 сбоев 2111 были связаны с "воздействием пассажиров на подвижной состав", в том числе происшествий, когда в часы пик пассажиры удерживали двери и не давали поезду отправиться. По состоянию на октябрь 2013 года таких случаев было 1500.
Известно восемь случаев катастроф в метро Москвы, в результате которых пострадали люди.
17 февраля 1982 года на станции "Авиамоторная" в 17.00 часов один из эскалаторов в результате поломки механизма стал двигаться вниз под тяжестью веса пассажиров, быстро набирая скорость. Аварийный тормоз не остановил движения. На эскалаторе началась паника и давка. Около ста человек не смогли удержаться на ногах и упали, загородив проход в зоне нижней выходной площадки. За несколько секунд почти все пассажиры, находившиеся на эскалаторе, скатились вниз. Точное число жертв было названо лишь через девять месяцев на заседании Верховного суда РСФСР: 30 раненых и восемь погибших в результате давки. По данным следствия, все четыре эскалатора эксплуатировались в аварийном режиме. Непосредственной причиной аварии был признан излом одной из ступеней.
30 марта 1994 года произошла авария на Серпуховско-Тимирязевской линии. В 18.48 на перегоне "Нагорная" - "Нахимовский проспект" состав, двигавшийся из центра, врезался во впереди идущий поезд. Были эвакуированы 2500 человек. Пострадали 20 человек, девять из них госпитализированы. Причиной аварий стало несрабатывание автоматической системы сигнализации, предупреждающей машиниста о превышении скорости состава и приближении к светофору (АЛС-АРС).
31 марта 1994 года в 9.14 в поезд, стоящий на станции "Петровско-Разумовская", врезался состав, идущий следом. Последний вагон сошел с рельсов, началось задымление. Пострадали три человека. Движение на линии было остановлено на шесть часов. Авария произошла из-за сбоя автоматической системы сигнализации АЛС-АРС.
25 июня 2008 года в 16.59 на станции "Владыкино" Серпуховско-Тимирязевской линии сошли с рельсов четыре последних вагона поезда. Авария произошла из-за скола верхней части рельса, на которую приходится непосредственное давление колес. После снятия напряжения с линии были эвакуированы около 800 человек. Из них восемь обратились за медицинской помощью, один госпитализирован. Движение поездов было полностью восстановлено к утру 26 июня.
15 апреля 2012 года на станции "Комсомольская" Кольцевой линии произошло резкое ускорение, а затем остановка полотна эскалатора, работающего на спуск на выходе к Ленинградскому и Ярославскому вокзалам. В результате пострадали 10 человек, шесть из них были госпитализированы. Причиной сбоя стало отсутствие зубчатой соединительной муфты, которую техники забыли установить во время ремонта эскалатора. Следственным комитетом РФ было заведено уголовное дело по статье о халатности (ст. 293 УК РФ) в отношении лиц, занимавшехся ремонтом. В метрополитене была произведена кадровая перестановка: начальник эскалаторной службы Александр Икенькин понижен в должности и назначен на пост заместителя начальника эскалаторной службы по реконструкции. Уволены начальник отдела техконтроля и один из мастеров. Еще пяти сотрудникам объявлен выговор.
5 мая 2013 года в 8.07 на Таганско-Краснопресненской линии на перегоне между станциями "Выхино" и "Рязанский проспект" на расстоянии 300 м от въезда в тоннель произошло замыкание и возгорание контактного рельса. Пострадали три человека, около 300 были эвакуированы. Прокуратура Московского метрополитена организовала проверку соблюдения законодательства о транспортной безопасности. Заместителю начальника службы тоннельных сооружений метрополитена был объявлен выговор.
5 июня 2013 года на Сокольнической линии в 8.17 между станциями "Охотный ряд" и "Библиотека им. Ленина" произошло короткое замыкание и возгорание высоковольтного кабеля. 4500 пассажиров пришлось эвакуировать из тоннеля и с двух станций. Пострадали более 80 человек, 27 из них были госпитализированы. Движение от станции "Парк культуры" до "Комсомольской" возобновилось в 12.00. Однако из-за нового замыкания кабеля в тоннеле участок между станциями вновь был закрыт. В результате этих двух инцидентов Сокольническая линия не работала около шести часов. Специальной комиссией по расследованию причин ЧП было установлено, что авария произошла по вине сотрудника метро, ответственного за систему энергоснабжения. Он был уволен. Департамент транспорта Москвы сообщил о выплате единовременной материальной помощи пострадавшим.
11 июня 2013 года в 8.57 на перегоне между станциями метро "Серпуховская" и "Тульская" произошло аварийное отключение участка. В результате было прекращено движение поездов от станции "Боровицкая" до "Нагорной". Два состава, в которых находились около 900 пассажиров, простояли в тоннеле почти 50 минут. 14 человек обратились за медицинской помощью, девять из них были госпитализированы. Причиной ЧП стал дефект нового вагона 2013 года сборки. Как сообщил первый замруководителя департамента транспорта и дорожно-транспортной инфраструктуры Москвы Евгений Михайлов, после этого случая была проведена проверка подвижного состава и в новых партиях вагонов "системных дефектов не выявлено". Происшедшее 11 июня, по его словам, - "единичный случай". ОАО "Метровагонмаш", по вине которого произошел сбой, выплатило 6 млн руб. Средства были направлены на эксплуатационные нужды метрополитена и улучшение качества обслуживания пассажиров.