10 декабря 2000 г. состоялись очередные выборы губернатора Брянской области. Срок полномочий главы региона составлял четыре года. На пост баллотировались 9 кандидатов. Победу одержал член КПРФ, действующий губернатор области Юрий Лодкин (с 1996 г.), которого поддержали 29,21% избирателей. Его ближайший соперник, гендиректор ОАО "Снежка", депутат Брянской областной Думы Николай Денин набрал 21,15% голосов в свою поддержку. Против всех высказались 6,90%. В выборах приняли участие 53,36% избирателей.
5 декабря 2004 г. в области прошли очередные выборы губернатора (на срок полномочий - 4 года). Незадолго до голосования, 29 ноября действующий глава региона Юрий Лодкин, поддержанный КПРФ и Аграрной партией России, решением Верховного суда РФ был снят с регистрации по обвинению в нарушениях избирательного законодательства. В выборах приняли участие 7 кандидатов, основная борьба развернулась между депутатом Госдумы РФ от "Единой России" Николаем Дениным, который набрал в итоге 44,75% голосов, и кандидатом от "Союза Правых Сил", заместителем начальника департамента Счетной палаты РФ Евгением Зеленко (12,53%). В связи со снятием Лодкина был отмечен высокий уровень протестного голосования - 20,57% избирателей; явка составила 50,72%. Никто из кандидатов не набрал свыше 50% голосов, и на 19 декабря было назначено повторное голосование. Победу одержал Николай Денин, получивший 77,83%, его соперник Евгений Зеленко — 10,32%; против всех — 10,62%; явка составила 37,79%.
11 декабря 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: главу региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган. 18 октября 2007 г. по представлению президента РФ Владимира Путина Николай Денин был утвержден Брянской областной думой в должности губернатора области на очередной срок.
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов. 4 октября 2012 г. губернатором Брянской области на 5-летний срок вновь был избран Николай Денин, получивший 65,22% голосов избирателей. За его единственного соперника, депутата Госдумы РФ от КПРФ Вадима Потомского проголосовали 30,83%. Против всех - 10,62%; в выборах приняли участие 37,79% избирателей. Избранный губернатор вступил в должность 21 октября.
Николай Денин был отправлен в отставку 9 сентября 2014 г. указом Владимира Путина "в связи с утратой доверия президента РФ". В отношении него возбуждено уголовное дело по обвинению в превышение должностных полномочий (незаконное выделение из резервного фонда области более 21,8 млн рублей подконтрольной его семье птицефабрике "Снежка"). Врио губернатора Брянской области указом президента назначен депутат Госдумы РФ от "Единой России" Александр Богомаз.
В единый день голосования 13 сентября 2015 г. в Брянской области пройдут выборы губернатора. Он избирается сроком на пять лет и не может замещать указанную должность более двух сроков подряд. Кандидаты выдвигаются политическими партиями и их региональными отделениями. Для регистрации претенденту на пост руководителя региона необходимо преодолеть так называемый "муниципальный фильтр" - собрать в свою поддержку не менее 7% подписей муниципальных глав и депутатов.