3 декабря 2000 г. состоялись выборы главы администрации (губернатора) Краснодарского края. Срок полномочий главы региона составлял четыре года. На этот пост баллотировалось 3 кандидата. Победу одержал депутат Государственной думы РФ Александр Ткачев - 81,78% голосов. За генерального директора ООО "Спецэнергосервис" Игоря Крамаренко проголосовали 5,23% избирателей, за заместителя главного врача Краснодарского муниципального лечебно-диагностического объединения Мартироса Оганесяна - 4,09%, против всех - 7,09%. Явка избирателей составила 46,73%.
Следующие выборы главы региона прошли 14 марта 2004 г. Они были совмещены с выборами президента РФ. Срок полномочий губернатора составлял пять лет. На этот пост претендовали 4 кандидата. Главой администрации (губернатором) Краснодарского края был переизбран Александр Ткачев, получив поддержку 83,98% избирателей. За начальника управления здравоохранения и социальной работы краевого филиала федерального ГУП "ВПК-Инвест" Александра Бондаренко проголосовали 3,36% избирателей (был выдвинут ЛДПР), за руководителя управления Госторгинспекции по Краснодарскому краю Анатолия Пахомова - 2,01%, за инженера Краснодарского краевого государственного учреждения "Дорожный комитет" Сергея Кириченко - 1,87%, против всех - 7,62%. В выборах приняли участие 63,13% избирателей.
11 декабря 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: главу региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган.
23 апреля 2007 г. Законодательное собрание Краснодарского края утвердило Александра Ткачева на посту губернатора края на пятилетний срок по представлению президента РФ Владимира Путина.
21 марта 2012 г. Законодательное собрание Краснодарского края по представлению президента РФ Дмитрия Медведева вновь утвердило Александра Ткачева на посту губернатора региона.
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов. 22 апреля 2015 г. Александр Ткачев подал в отставку с поста губернатора по собственному желанию в связи с назначением на пост министра сельского хозяйства РФ. В тот же день в связи с досрочным прекращением полномочий Александра Ткачева президент РФ Владимир Путин назначил временно исполняющим обязанности главы администрации (губернатора) Краснодарского края Вениамина Кондратьева.
В единый день голосования 13 сентября 2015 г. в Краснодарском крае пройдут выборы главы администрации (губернатора). Он избирается сроком на пять лет и не может замещать указанную должность более двух сроков подряд. Кандидаты выдвигаются политическими партиями или их региональными отделениями, самовыдвижение не предусмотрено. Для регистрации претенденту на пост руководителя региона необходимо преодолеть так называемый "муниципальный фильтр" - собрать в свою поддержку не менее 10% подписей муниципальных глав и депутатов.