"Дело ЮКОСа" - одно из самых громких в России за последние годы. Бывший руководитель ОАО "НК ЮКОС" Михаил Ходорковский и экс-глава МФО "МЕНАТЕП" Платон Лебедев были арестованы в 2003 году по подозрению в экономических преступлениях.
В июне 2003 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело против по факту незаконной приватизации мурманского ОАО "Апатит" после запроса депутата Госдумы Владимира Юдина. 2 июля 2003 года по данному делу задержан глава МФО МЕНАТЕП и совладелец НК ЮКОС Платон Лебедев, находившийся на лечении в госпитале имени Вишневского. Лебедев был задержан по подозрению в хищении принадлежавших государству 20% акций мурманского ОАО "Апатит" на сумму 283,1 млн долл. Обвинение было предъявлено по статьям Уголовного кодекса РФ: "хищение чужого имущества, путем обмана, в составе организованной группы, в крупном размере"; "злостное неисполнение вступившего в законную силу решения суда представителями коммерческой организации"; "причинение имущественного ущерба собственникам путем обмана, при отсутствии признаков хищения, совершенное организованной группой, в крупном размере". Позднее ему были предъявлены обвинения также в уклонении от уплаты налогов с организации в особо крупном размере, уклонении от уплаты налога, в подделке официальных документов, растрате чужого имущества организованной группой в крупном размере.
Михаил Ходорковский был задержан 25 октября 2003 года в новосибирском аэропорту "Толмачево" по обвинению в "мошенничестве в крупном размере", "присвоении или растрате", "причинении имущественного ущерба собственникам путем обмана или злоупотребления доверием", "уклонении от уплаты налога физическим лицом", "уклонении от уплаты налога организаций", "злостное неисполнение решения суда" и "неоднократная подделка документов".
3 ноября 2003 года Ходорковский оставил свой пост в компании ЮКОС.
По мнению следственных органов, Ходорковский давал указания Лебедеву относительно хищения акций компании "Апатит" на сумму 283,1 млн долл. и перепродажи продукции компании на мировом рынке по ценам, вдвое превышавшим отпускные внутрироссийские цены, что нанесло ущерб государству в 200 млн долл. Также, по данным следствия, за 1999-2000 гг. ОАО НК "ЮКОС" уклонилось от уплаты налогов на сумму свыше 17 млрд руб. В вину Ходорковскому также было вменено то, что он как физическое лицо в 1998-1999 гг. уклонился от уплаты подоходного налога и страховых взносов на сумму 53 млн руб.
8 июня 2004 году Мещанский районный суд Москвы принял решение об объединении уголовных дел в отношении Ходорковского и Лебедева.
31 мая 2005 года Мещанский суд Москвы признал их виновными по шести статьям УК РФ - в мошенничестве, хищении денежных средств у государства, хищении сырья апатитового концентрата, неисполнении решений арбитражных судов, уклонении от уплаты налогов с физических и юридических лиц, и приговорил к 9 годам лишения свободы. 22 сентября 2005 года кассационным определением Московского городского суда срок их наказания был снижен до 8 лет.
5 февраля 2007 года в отношении Ходорковского и Лебедева было возбуждено второе уголовное дело, в рамках которого им были предъявлены обвинения в хищении около 200 млн тонн нефти и отмывании денег /ст. 160 УК РФ - "хищение путем присвоения" и ст. 174 УК РФ - "легализация /отмывание/ денежных средств или иного имущества, полученных преступным путем"/. Ходорковский и Лебедев были обвинены в хищении в составе организованной группы акций дочерних обществ ОАО "Восточная нефтяная компания" на сумму 3,6 млрд руб. и их легализации, а также хищении нефти дочерних акционерных обществ ОАО "НК ЮКОС", ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Юганскнефтегаз" и ОАО "Томскнефть" ВНК на сумму более 892,4 млрд руб. и легализации части этих средств на 487,4 млрд руб. и 7,5 млрд долл. Слушания по второму уголовному делу начались 31 марта 2009 года в Хамовническом суде Москвы.
23 декабря 2009 года президиум Верховного суда РФ признал незаконным арест Платона Лебедева в рамках первого уголовного дела и постановил восстановить производство из-за новых обстоятельств. Постановление президиум ВС РФ было принято в связи с вынесенным в октябре 2007 года постановлением Европейского суда по правам человека. ЕСПЧ счел ряд решений о продлении срока ареста Лебедева принятыми с нарушением положений Европейской конвенции по правам человека. Решение ЕСПЧ вступило в силу в июле 2008 года. Россия была оштрафована на 10 тыс. евро.
30 декабря 2010 года Хамовнический суд Москвы приговорил Ходорковского и Лебедева к 13,5 лет колонии общего режима, но с учетом того, что они не отбыли полгода наказания по первому приговору, окончательно суд приговорил их к 14 годам лишения свободы. С учетом первого приговора и проведенного в заключении времени срок наказания истекал в 2017 году.
Мосгорсуд 24 мая 2011 года снизил срок наказания на один год.
Еще до вынесения приговора по первому уголовному делу, Михаил Ходорковский подал иск в Европейский суд по правам человека. В мае 2011 года ЕСПЧ признал, что были нарушены отдельные права Ходорковского, однако отказался признавать само дело политически мотивированным. В итоге суд постановил взыскать с РФ 10 тыс. евро в пользу Ходорковского.
20 декабря 2012 года Президиум Мосгорсуда смягчил наказание Ходоковскому и Лебедеву до 11 лет лишения свободы, в связи с изменением в ряде статей УК РФ. Таким образом, срок заключения Лебедева истекает в июле 2014 года, Ходорковского - в октябре 2014 года.
25 июля 2013 года в Страсбурге ЕСПЧ огласил решение по жалобе на уголовное преследование М. Ходорковского и П. Лебедева по второму делу. Оба заявителя жаловались на нарушение прав по ряду статей Европейской конвенции по правам человека. Европейский суд по правам человека не признал дело бывшего главы ЮКОСа Михаила Ходорковского и экс-руководителя МФО "МЕНАТЕП" Платона Лебедева политически мотивированным. В обнародованном постановлении Страсбургского суда отмечается: "Поскольку в центре данного дела находится уголовное преследование, Суд не усмотрел в этом нарушения статьи 18 Европейской конвенции о защите прав человека и основных свобод".
6 августа 2013 года Верховный суд РФ смягчил наказание Михаилу Ходорковскому и Платону Лебедеву с 11 до 10 лет и 10 месяцев. Таким образом, срок заключения Лебедева истекает в мае 2014 года, Ходорковского - в августе 2014 года.
В декабре 2013 года в различных СМИ прошла информация о так называемом третьем деле ЮКОСа. В частности, приводятся слова замгенпрокурора Александра Звягинцева в интервью "Интерфаксу": "Действительно, в отношении него /Ходорковского/ и ряда других лиц расследуются несколько уголовных дел, которые имеют хорошую судебную перспективу".
19 декабря 2013 года президент России Владимир Путин после большой ежегодной пресс-конференции сообщил журналистам, что экс-глава ЮКОСа Михаил Ходорковский написал прошение о помиловании. "Он /Ходорковский/ ссылается на обстоятельства гуманитарного характера", — сказал президент. По словам Владимира Путина, в ближайшее время это ходатайство Ходорковского будет удовлетворено. /ТАСС-ДОСЬЕ/