21 ноября 2004 года президент России Владимир Путин в интервью бразильским газетам "Фолья ди Сан-Паулу" и "Глобу" сказал: "В нашей стране так же, как и во многих других демократических странах, человек считается невиновным до вступления в законную силу обвинительного приговора суда. Это в полной мере относится и к господину Ходорковскому. Для меня он является человеком невиновным, повторяю, до того, пока не состоится суд и не будет принято какое-то решение".
31 октября 2005 года, отвечая на вопрос журналистов нидерландского телеканала "Недерланд 1" и газеты "НРЦ Хандельсблатт" об ажиотаже вокруг Ходорковского, глава государства отметил: "Если бы Вы смогли заработать за пять-шесть лет несколько миллиардов личного состояния в долларовом эквиваленте, то, уверяю Вас, и Вы могли бы вызвать любой ажиотаж, защищая свои интересы и в Европе, и в мире".
30 мая 2008 года премьер-министр Владимир Путин в интервью французской газете "Ле Монд" сказал: "проблема Ходорковского заключается в том, что он нарушил закон многократно и грубо". "Больше того, часть группы, в которую он входил, обвиняется — и судом доказано — в совершении преступлений против личности, а не только в сфере экономики. За ними убийства, и не одного человека. Вот такая конкурентная борьба недопустима. И мы, конечно, всячески будем ее пресекать", - подчеркнул премьер-министр РФ.
30 августа 2010 года премьер-министр России Владимир Путин на вопрос корреспондента газеты "Коммерсантъ" по делу ЮКОСа ответил, "что не имеет отношения к этому судебному разбирательству". "Он несет заслуженное наказание. Выйдет на волю - будет свободным человеком". Говоря о втором процессе по делу ЮКОСа, В. Путин заявил: "Я когда узнал о втором процессе, очень удивился, спросил, что за процесс, он ведь уже сидит свое... Но если такой процесс идет, значит, в этом есть необходимость с точки зрения закона. Не я веду это дело!"
16 декабря 2010 года в ходе "прямой линии" премьер- министр РФ Владимир Путин сказал: "Я так же, как известный персонаж Владимира Высоцкого, считаю, что вор должен сидеть в тюрьме". Глава правительства подчеркнул, что в соответствии с приговором суда Ходорковскому "вменяется в вину хищение, хищение достаточно солидное". "Речь идет о неуплате налогов и мошенничестве, и счёт идёт там на миллиарды рублей. Правда, есть и личная неуплата налогов, что очень важно, но то обвинение, которое ему предъявляют сейчас, там счёт идёт уже на сотни миллиардов".
4 июня 2012 года на итоговой пресс-конференции саммита Россия - ЕС в Санкт-Петербурге президент РФ Владимир Путин заявил: "Что касается так называемых "политических" заключенных. Где бы я ни бывал, поднимается один вопрос: прежде всего о судьбе господина Ходорковского. Как известно, Европейский суд по правам человека зафиксировал, что в уголовном деле и в приговоре в отношении господина Ходорковского нет политических мотивов".
7 октября 2012 года на телеканале НТВ вышел в эфир документальный фильм, посвященный юбилею Владимира Путина, в котором на вопрос о возможности освобождения Ходорковского, он ответил: "Если в соответствии с юридическими процедурами это очевидно, ради бога. Если он обратится с помилованием, мы его рассмотрим. Благожелательно, без кровожадных настроений".
20 декабря 2012 года на большой пресс-конференции российским и зарубежным СМИ президент Владимир Путин подчеркнул, что "не влиял на деятельность правоохранительных и судебных органов вообще никак". "Что касается самого Михаила Борисовича, то здесь нет никакого персонального преследования. Я очень хорошо помню, как развивался этот процесс. Все пытаются представить это как политическое дело. А что, Михаил Борисович занимался политикой, был депутатом? Я уверен, что в соответствии с законом все будет нормально и Михаил Борисович выйдет на свободу. Дай Бог ему здоровья", - сказал президент.
19 декабря 2013 года после своей ежегодной пресс- конференции Владимир Путин сообщил, что намерен подписать прошение о помиловании экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского. "Михаил Борисович должен был в соответствии с законом написать соответствующую бумагу - ходатайство о помиловании; он этого не делал, но совсем недавно он написал такую бумагу и обратился ко мне с прошением о помиловании". "Он уже провел в местах лишения свободы больше 10 лет, это серьезное наказание". "Он ссылается на обстоятельства гуманитарного характера - у него больна мать". "Я считаю, что имея в виду все эти обстоятельства, можно принять решение соответствующее и в ближайшее время будет подписан указ о его помиловании".