В мае 2005 года по первому уголовному делу Мещанским судом Москвы Михаил Ходорковский и Платон Лебедев были приговорены к девяти годам лишения свободы за мошенничество и уклонение от уплаты налогов. Впоследствии Мосгорсуд снизил срок наказания до восьми лет.
По второму делу 30 декабря 2010 года Хамовнический суд Москвы признал Ходорковского и Лебедева виновными по статьям УК РФ "Хищение" и "Легализация денежных средств, полученных преступным путем" и приговорил их к 14 годам лишения свободы в колонии общего режима с учетом наказания, назначенного по первому приговору.
Позже Мосгорсуд в порядке кассационной проверки признал приговор законным и обоснованным, а президиум Мосгорсуда 20 декабря 2012 года смягчил наказание Ходорковскому и Лебедеву до 11 лет лишения свободы.
6 августа ВС РФ снизил им срок наказания до 10 лет и 10 месяцев.
В итоге Лебедев должен был выйти на свободу в мае 2014 года, Ходорковский - в августе 2014 года.
По информации источников ИТАР-ТАСС, Ходорковский и Лебедев не проходят обвиняемыми или подозреваемыми по так называемому третьему делу ЮКОСа.
19 декабря 2013 года президент России Владимир Путин сообщил, что намерен подписать прошение о помиловании экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского.
20 декабря 2013 года Путин подписал указ о помиловании экс-руководителя ЮКОСа Михаила Ходорковского, освободив его от отбывания наказания.