В августе 2002 года обильные осадки вызвали сильнейшее с 1900 года наводнение в Центральной Европе. Район бедствия охватил Чехию, Германию, Австрию, Словакию, Польшу, Венгрию, Хорватию и Румынию. Сильнее других государств пострадала Чехия, где погибли не менее 17 человек. Под водой оказалось около 8% территории Праги, включая исторический центр и зоопарк, в котором погибли более 136 животных, в том числе слон, два бегемота, лев и медведь.
29 августа 2005 года на юго-восток США обрушился тропический циклон "Катрина" - один из самых разрушительных ураганов на территории США за всю историю наблюдений. По официальным данным, жертвами стихии стали 1836 человек, значительный ущерб был нанесен городу Новый Орлеан (под водой оказалось около 80% площади города). Вскоре после удара стихии в результате обесточивания оборудования погибла большая часть из 10 тыс. рыб и земноводных, которые содержались в Океанариуме Северной и Южной Америки (Aquarium of the Americas).
В начале августа 2010 года в германском городе Циттау (Саксония) в результате наводнения на территории зоопарка утонули 30 животных, в том числе десять лам, лошади, свиньи, птицы и броненосец.
8 сентября 2011 года наводнение на северо-западе штата Пенсильвания (США) привело к гибели двух бизонов в зоопарке города Херши. Одно из животных утонуло, второго бизона сотрудники зоопарка умертвили с помощью инъекции, так как не имели возможности эвакуировать животное в безопасное место.
19-20 июня 2012 года в результате наводнения в городе Далут (штат Миннесота, США) пострадал 8-летний мальчик; кроме того, в местном зоопарке погибли 11 животных (в том числе осел, овцы и козы), а также несколько птиц (ворон, сова и др.). Выбравшиеся из своих вольеров белая медведица и два тюленя были пойманы и размещены в зоопарках других городов.
В конце мая - начале июня 2013 года после проливных дождей произошли наводнения в Европе, которые затронули восток и север Германии, Чехию, Австрию, Польшу, Венгрию, Швейцарию, Словакию и Белоруссию. В период с 31 мая по 1 июня проводилась эвакуация зоопарка в Праге, попавшего в зону подтопления. Большинство животных и птиц были успешно перемещены в безопасные места, погибли два чибиса и несколько кроликов.
21 июня 2014 года в канадской провинции Альберта произошел разлив рек Элбоу и Боу, в результате чего были эвакуированы около 75 тыс. жителей города Калгари. На территории городского зоопарка, расположенного на острове между разлившихся рек, погиб по меньшей мере один павлин, а в аквариумах из-за обесточивания климатических установок умерли тиляпии и пираньи.
30 апреля 2014 года дожди вызвали сильное наводнение в американских штатах Флорида и Алабама, за сутки в некоторых районах выпало более 50 см осадков. В результате стихийного бедствия погиб один человек. В зоопарке города Галф-Шорс (штат Алабама) утонули две мары (патагонские свинки) и два детеныша выдры.
14 июня 2015 года в результате ливневых дождей в Тбилиси произошло самое сильное с 1960 года наводнение. Был частично разрушен городской зоопарк, где погибла почти половина животных - более 300 особей. Часть зверей, в том числе опасные хищники, выбралась на улицы, где отлов и охоту на них вели представители зоопарка и полицейские.