В декабре 2011 — январе 2012 года Николай Цискаридзе выступил с критикой репертуара и политики руководства Большого театра. На фоне скандальных заявлений в декабре 2011 года Цискаридзе и еще одного солиста ГАБТа и педагога по совместительству Яна Годовского уведомили об увольнении с должностей преподавателей. Годовский заявление об увольнении подписал, а Цискаридзе с решением руководства театра не согласился, объявив о намерении опротестовать в суде расторжение своего преподавательского контракта. Однако в январе 2012 года руководство ГАБТа решило не прерывать с артистом контракт о репетиторской работе.
Цискаридзе неоднократно заявлял, что напряженные отношения вызваны в первую очередь его критикой в адрес руководства Большого. В частности, он называл "вандализмом" недавно прошедшую реконструкцию исторической сцены театра.
В ноябре 2012 года ряд деятелей культуры направили президенту России Владимиру Путину коллективное письмо с просьбой назначить Николая Цискаридзе на должность директора главного театра страны. Авторами письма выступили 12 человек: актер Владимир Андреев, тренер Ирина Винер, режиссер Галина Волчек, педагог Большого Юрий Владимиров, хореограф Михаил Лавровский, знаменитая балерина Мария Леонова, оперная певица Елена Образцова, тенор Зураб Соткилава, режиссеры Марк Захаров и Олег Табаков, а также актеры Алиса Фрейндлих и Геннадий Хазанов. Однако ранее министр культуры Владимир Мединский сообщил о продлении трехлетнего контракта с Анатолием Иксановым еще на один год. Таким образом, он должен был остаться главой ГАБТа до конца 2014 года. Но 9 июля 2013 года Иксанов был освобожден от занимаемой должности. И новым генеральным директором театра назначен Владимир Урин.
После нападения на худрука балетной труппы Сергея Филина, совершенного 17 января 2013 года, противостояние между руководством Большого театра и Николаем Цискаридзе обострилось. В ряде СМИ прошла информация, что Цискаридзе мог быть причастным к этому происшествию. В то же время некоторые издания сообщили, что, по мнению танцовщика, пресс-служба и Анатолий Иксанов используют ситуацию в личных целях, обвиняя людей, работающих в театре, в причастности к этой трагедии. Администрация ГАБТ заявила тогда, что не ведет никакой кампании против Цискаридзе.
Очередной скандал разгорелся в начале февраля 2013 года после интервью, которое Цискаридзе дал Би-би-си. В нем танцор обвинил администрацию в создании атмосферы сталинских репрессий и призвал правительство уволить руководство театра. В ответ администрация ГАБТа пригрозила подать против артиста иск и объявила ему выговор. Однако Цискаридзе успел обратиться в суд первым: он заявил, что взыскания необоснованны, так как интервью он давал в нерабочее время, не организовывал его и не распространял в СМИ. ГАБТ был готов пойти с солистом балета на мировое соглашение при условии, что тот откажется от своего иска. Однако вскоре стало ясно, что "мировая" не удалась: обе стороны отказались выполнять предъявленные требования.
17 марта Цискаридзе вновь выступил с жесткой критикой руководства Большого в эфире телеканала НТВ, усомнившись в том, что ожоги, полученные Филиным в результате нападения, действительно тяжелы. Кроме того, в этой же программе артист выразил готовность возглавить ГАБТ.
В конце марта премьер балетной труппы Большого театра подал иск к своему работодателю, в котором просил отменить два объявленных ему выговора в феврале 2013 года за нарушение внутренних правил поведения в театре. Речь шла о запрете на интервью без согласия руководства. По мнению Цискаридзе, данные дисциплинарные взыскания были применены к нему незаконно и необоснованно. Как отмечалось в иске, "интервью премьер Большого театра давал в нерабочее время, не организовывал его и не распространял в СМИ".
12 апреля Тверской суд Москвы частично удовлетворил иск Цискаридзе к Большому театру о наложении на него двух дисциплинарных взысканий. Согласно решению суда, выговор от 20 февраля 2013 года признан законным, а дисциплинарное взыскание от 5 февраля 2013 года с артиста было снято как необоснованное. Незаконным признано взыскание, наложенное на него за интервью газете "МК", в которой Цискаридзе говорит о своей непричастности к нападению на Сергея Филина.
16 апреля Большой театр подтвердил, что вынес Цискаридзе третий выговор, а 7 июня уведомил артиста о том, что не будет продлевать два его срочных трудовых контракта, которые были подписаны год назад. Их срок истекал 30 июня. 14 июня Николай Цискаридзе, выступая в одной из телепередач на Первом канале, заявил, что ему "подсунули" срочный трудовой договор. По словам артиста, он был уверен, что один из договоров, по которому он работал в театре в качестве артиста балета, - бессрочный. 30 июня Цискаридзе покинул Большой театр в связи с истечением срока трудового договора.
22 июля Мосгорсуд оставил без изменения решение Тверского районного суда, принятое 12 апреля 2013 года по делу Цискаридзе.
В октябре 2013 года генеральный директор ГАБТа Владимир Урин официально предложил Николаю Цискаридзе выступить с тремя прощальными спектаклями на сцене Большого театра. Но Цискаридзе от этого предложения отказался.