Родился 3 августа 1953 г. в Сеуле.

В 1976 г. окончил юридический факультет Сеульского национального университета, в 1978 г. - магистратуру по направлению "юриспруденция" этого же вуза - самого престижного в Республике Корея (РК). В 1983 г. получил степень магистра в области международных отношений в Университете Джона Хопкинса (г. Вашингтон, США).

На дипломатической службе с марта 1977 г.
С 1984 г. - сотрудник генерального консульства Республики Корея в Сиднее (Австралия).
В 1990-1994 гг. - советник постоянного представительства РК при ООН в Нью-Йорке, США.
В 1994-1995 гг. – начальник первого отдела Северной Америки в МИД РК.
С 1995 по 1999 г. – советник-посланник посольства РК в Республике Сингапур.
С февраля по июль 1999 г. – заместитель директора азиатско-тихоокеанского департамента в министерстве иностранных дел и внешней торговли (МИДВТ - официальное название МИД РК в 1998-2013 гг.)
С июля 1999 г. по февраль 2000 г. – заместитель директора департамента Северной Америки МИДВТ РК.
В 2000-2002 гг. – советник постоянного представительства Республики Корея при Отделении ООН и других международных организациях в Женеве (Швейцария).
В 2002-2004 гг. - советник посольства РК в США.
В 2004-2006 гг. – старший координатор в аппарате Совета национальной безопасности РК.
С января по декабрь 2006 г. – заместитель министра иностранных дел и внешней торговли.
В 2006-2009 гг. – советник президента по вопросам внешней политики, безопасности и объединения страны.
В 2009-2013 гг. – старший консультант в юридической фирме "Ким и Чхан". В этот же период по совместительству преподавал в магистратуре по направлению "международные отношения" в университете Соган в Сеуле.
С декабря 2010 г. - научный сотрудник Института будущего государства (IFS), "мозгового центра", близкого к консервативной партии "Ханнара" и одного из ее лидеров - Пак Кын Хе. Считается одним из авторов внешнеполитической программы Пак Кын Хе - политики "укрепления доверия на Корейском полуострове".
В марте 2013 г. после победы Пак Кын Хе на президентских выборах был назначен министром иностранных дел Республики Корея. К августу 2016 г. остался единственным министром из состава первого кабинета при администрации Пак Кын Хе, который сохранил свой пост.
18 июня 2017 г. оставил пост.
Юн Бён Се называют трудоголиком за выдающуюся работоспособность: совещания в его ведомстве регулярно заканчиваются глубокой ночью.

Награжден медалью "За заслуги" (1992 г.), орденом "За заслуги" второй степени (2007 г.)

Владеет английским языком.

Женат на Чон Ын Ён, имеет дочь.