В 1986 г. окончил Московский химико-технологический институт им.Менделеева, в 1988 г. Институт народного хозяйства им.Плеханова.
В 1986-1987 гг. заместитель секретаря Фрунзенского райкома ВЛКСМ г.Москвы.
В 1987-1989 гг. директор Центра научно-технического творчества молодежи и Фонда молодежной инициативы.
В 1989-1990 гг. председатель правления Коммерческого инновационного банка научно-технического прогресса, в 1990 г. переименованного в «Менатепинвест» ("МЕжотраслевые и НАучно-ТЕхнические Программы).
В 1990-1991 гг. генеральный директор Межбанковского объединения "МЕНАТЕП", председатель совета директоров банка "МЕНАТЕП".
С 1991 г. председатель совета директоров Объединения кредитно-финансовых предприятий "МЕНАТЕП" (впоследствии было переименовано в Международной финансовое объединение "МЕНАТЕП"). В 1992 г. одновременно с основной работой стал председателем Инвестиционного фонда содействия топливно-энергетической промышленности с правами заместителя министра топлива и энергетики РФ. В марте 1993 г. назначен заместителем министра топлива и энергетики РФ. С 1993 г. председатель правления, председатель совета директоров банка "МЕНАТЕП".
В 1995-1996 гг. председатель правления ЗАО "Роспром", первый вице-президент АО НК ЮКОС, председатель совета директоров АО НК ЮКОС.
С 1997 г. председатель правления НК "ЮКОС" и директор зарегистрированной на Гибралтаре компании Group MENATEP: ей были переданы активы МФО "МЕНАТЕП", основного владельца "ЮКОСа". В ноябре 1998 г. назначен членом коллегии министерства топлива и энергетики РФ. В феврале 2001 года вошел в состав Совета по предпринимательству при правительстве РФ.
25 октября 2003 г. задержан и помещен в СИЗО. 3 ноября 2003 г. объявил об уходе с поста руководителя ЮКОС и к этому времени передал свои акции в Group MENATEP Леониду Невзлину.
31 мая 2005 г. приговорен к 9 годам лишения свободы. Суд признал его виновным по шести статьям УК РФ, в том числе в уклонении от уплаты налогов с физических и юридических лиц путем хищения и в мошенничестве. 22 сентября 2005 г. Мосгорсуд снизил приговор до 8 лет. Этапирован в колонию г.Краснокаменска Читинской области.
5 февраля 2007 г. в отношении Ходорковского было возбуждено второе уголовное дело, в рамках которого предъявлены обвинения в хищении около 200 млн тонн нефти и отмывании денег. 30 декабря 2010 года он был признан виновным по статьям УК РФ "Хищение" и "Легализация денежных средств, полученных преступным путем" и приговорен к 13,5 годам лишения свободы в колонии общего режима. При вынесении приговора суд прибавил к 13,5 годам еще полгода, которые ему оставалось провести в заключении, отбывая наказания по первому уголовному делу.
24 мая 2011 года Мосгорсуд смягчил М.Ходорковскому наказание по второму уголовному делу. Срок лишения свободы снижен на 1 год, до 13 лет.
В июне 2011 г. Ходорковский был этапирован в исправительную колонию № 7 в г. Сегежа (Карелия).
20 декабря 2012 года президиум Мосгорсуда смягчил наказание Ходорковскому до 11 лет лишения свободы, в связи с изменением в ряде статей УК РФ. 6 августа 2013 г. Верховный суд РФ снизил наказание с 11 до 10 лет и 10 месяцев. Таким образом, срок заключения Михаила Ходорковского должен было истечь в августе 2014 года.
20 декабря 2013 года президент РФ Владимир Путин подписал указ о помиловании Михаила Ходорковского, освободив его от дальнейшего отбывания наказания. В тот же день Ходорковский вылетел в Германию, где в это время находилась на лечении его мать. Впоследствии переехал в Швейцарию.
23 декабря 2015 г. заочно арестован и объявлен в международный розыск по делу об убийстве мэра Нефтеюганска Петухова в 1998 г.
С 1997 г. по 2005 г. входил в списки богатейших людей мира, составляемые журналом Forbesа (состояние от 2,2 до 15 млрд долларов США).
Женат вторым браком, четверо детей.