Родился 29 марта 1936 г. в г. Березники (Свердловская область, ныне Пермский край). Его воспитывала мать, портниха Прасковья Афанасьевна Глазкова. Отец - донской казак Сергей Георгиевич Говорухин - был репрессирован и погиб, предположительно, в 1938 г.
В 1958 г. Станислав Говорухин окончил геологический факультет Казанского государственного университета им. В. И. Ульянова-Ленина (КГУ; ныне Казанский, Приволжский, федеральный университет), в 1966 г. - режиссерский факультет Всесоюзного государственного института кинематографии (ВГИК; ныне Всероссийский государственный институт кинематографии им. С. А. Герасимова).
После окончания КГУ два года проработал на Казанской студии телевидения, затем уехал в Москву, где поступил во ВГИК, в мастерскую Якова Сегеля. После окончания вуза начал работать на Одесской киностудии. Вместе с однокурсником Борисом Дуровым снял свой первый фильм "Вертикаль" (1967), в котором одну из ролей исполнил Владимир Высоцкий и прозвучали его песни.
На Одесской киностудии режиссер поставил еще несколько картин, в том числе "Жизнь и удивительные приключения Робинзона Крузо" по мотивам романа Даниэля Дефо "Робинзон Крузо" (1972), "Приключения Тома Сойера и Гекльберри Финна" по произведению Марка Твена "Приключения Тома Сойера" (1981), "В поисках капитана Гранта" по мотивам романа Жюля Верна "Дети капитана Гранта" (1985), "Десять негритят" по произведению Агаты Кристи (1987).
Широкую известность получил пятисерийный телефильм Станислава Говорухина "Место встречи изменить нельзя" по роману Аркадия и Георгия Вайнеров "Эра милосердия", премьера которого состоялась в ноябре 1979 г. За исполнение роли капитана милиции Глеба Жеглова в 1987 г. Государственной премией СССР был посмертно отмечен Владимир Высоцкий (1938-1980).
В 1980 г. на экраны вышла кинолента Бориса Дурова "Пираты XX века", автором сценария которой выступил Станислав Говорухин. Фильм, главные роли в котором исполнили Николай Еременко - младший, Петр Вельяминов и Талгат Нигматулин, критики назвали первым советским боевиком. Он стал лидером отечественного проката (около 90 млн зрителей).
В 1987-1988 гг. Станислав Говорухин возглавлял Одесское отделение Союза кинематографистов СССР. В 1987 г. был президентом кинофестиваля "Одесская альтернатива", который в 1988 г. по его инициативе был преобразован в международный фестиваль жанрового кино "Золотой Дюк".
По словам самого режиссера, с началом перестройки в 1985 г. он перестал "активно работать в кино и включился в политику". Говорухин выступал с публицистическими статьями в изданиях "Литературная газета" и "Советская культура". В 1987 г. перешел на киностудию "Мосфильм", где в 1990 г. снял документальную картину "Так жить нельзя", удостоенную кинопремии "Ника" в трех номинациях ("Лучший документальный фильм", "Лучшая режиссерская работа", "Лучшая сценарная работа"). Она стала началом его публицистической кинотрилогии о России: в 1992 г. вышла вторая часть ("Россия, которую мы потеряли"), в 1994 г. - третья ("Великая криминальная революция", первый приз кинофестиваля "Золотой витязь-94"). В 1992 г. вышел фильм-интервью с Александром Солженицыным.
С декабря 1991 г. Станислав Говорухин являлся членом Конфедерации союза кинематографистов. В октябре 1993 г. вышел из состава Союза кинематографистов России.
С 1993 по 2018 г. являлся депутатом Государственной думы Федерального собрания РФ.
12 декабря 1993 г. был избран депутатом Государственной думы РФ I созыва от Демократической партии России (ДПР; членом партии не являлся). С апреля 1995 г. возглавлял фракцию ДПР, сменил на этом посту Сергея Глазьева. Руководил думской комиссией по расследованию обстоятельств чеченского конфликта.
В 1995 г. баллотировался в Госдуму II созыва в составе избирательного "Блока Станислава Говорухина" (вместе с ним в первую тройку вошли Олег Румянцев и Виктор Аксючиц). На выборах 17 декабря 1995 г. блок набрал лишь 0,99% голосов и в парламент не прошел. Станислав Говорухин был избран депутатом Госдумы по Кавминводскому одномандатному округу (23,97%). Стал сопредседателем депутатской группы "Народовластие", возглавлял комитет по культуре.
С 19 декабря 1999 г. - депутат Госдумы III созыва, был избран от блока "Отечество - вся Россия". Вошел в одноименную фракцию (впоследствии - "Отечество - Единая Россия"), был заместителем председателя комитета по культуре и туризму.
Баллотировался на пост президента РФ на досрочных выборах главы государства 26 марта 2000 г. Получил 0,44% голосов избирателей (восьмое место среди 11 кандидатов; президентом РФ избран Владимир Путин, 52,94%).
В декабре 2005 г. одержал победу на довыборах в Государственную думу IV созыва по Университетскому округу Москвы. Был членом фракции "Единая Россия", входил в думский комитет по культуре.
2 декабря 2007 г. был избран депутатом Госдумы V созыва по московскому региональному списку "Единой России". Член одноименной фракции и думского комитета по информационной политике.
В декабре 2011 г. возглавил избирательный штаб Владимира Путина на выборах президента РФ 4 марта 2012 г.
4 декабря 2011 г. Станислав Говорухин был избран в Госдуму VI созыва по региональному списку Ставропольского края от "Единой России". Вошел в состав президиума фракции "Единой России". 21 декабря 2011 г. возглавил комитет по культуре.
18 сентября 2016 г. избран депутатом Госдумы VII созыва от партии "Единая Россия" (был вторым номером после мэра Москвы Сергея Собянина в столичной региональной группе №35). Вновь возглавил думский комитет по культуре (с 5 октября 2016 г.).
Являлся сопредседателем центрального штаба "Общероссийского народного фронта" (ОНФ).
Станислав Говорухин совмещал общественно-политическую деятельность с работой в кинематографе. В 1998 г. он снял драму "Ворошиловский стрелок", главную роль в которой исполнил Михаил Ульянов. В начале 2000-х гг. создал при "Мосфильме" киностудию "Вертикаль". Впоследствии поставил фильмы "Благословите женщину" (2003), "Не хлебом единым" (2005), "Артистка" (2007), "Пассажирка" (2009), "В стиле Jazz" (2010), "Weekend" (2013), "Конец прекрасной эпохи" (2015).
В качестве актера снимался в фильмах "Возвращение Баттерфляй" (1982, режиссер Олег Фиалко), "Асса" (1988, Сергей Соловьев), "Сукины дети" (1991, Леонид Филатов), "Анкор, еще анкор!" (1992, Петр Тодоровский), "Девятая рота" (2005, Федор Бондарчук) и др.
Станислав Говорухин скончался 14 июня 2018 г. в Барвихе (Московская область) на 83-м году жизни. Похоронен с воинскими почестями на Новодевичьем кладбище Москвы.
Общая сумма декларированного дохода за 2015 г. составляла 15 млн 399 тыс. руб., супруги - 4 млн 546 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2016 г. составляла 13 млн 75 тыс. руб., супруги - 2 млн 788 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2017 г. составляла 10 млн 890 тыс. руб., супруги - 2 млн 373 тыс. руб.
Заслуженный деятель искусств Украинской ССР (1986). Народный артист РФ (2006).
Был награжден орденом "За заслуги перед Отечеством" I степени (2016), отмечен Почетной грамотой правительства РФ (2016).
Лауреат премии правительства РФ 2017 г. в области культуры.
В 2016 г. за фильм "Конец прекрасной эпохи" был удостоен кинопремий "Золотой орел" и "Ника" в категории "Лучшая режиссерская работа". Обладатель кинопремии "Золотой орел" в почетной номинации "За вклад в отечественный кинематограф" (2015).
Являлся почетным гражданином г. Железноводска (Ставропольский край), почетным членом Российской академии художеств.
Автор сборника "Страна воров на дороге в светлое будущее" (1994), книги мемуаров "Вертикаль. Место встречи изменить нельзя" (2016) и др.
Был дважды женат. Первая супруга - Юнона Ильинична Карева (1933-2013, заслуженный деятель искусств РФ, актриса, педагог Казанского театрального училища). Сын - Сергей (1961-2011, писатель, кинорежиссер, возглавлял независимую киностудию "Гандвик"). Второй женой с 1976 г. была Галина Борисовна Говорухина (1948-2022, работала монтажером на Одесской киностудии).
Увлекался живописью, бильярдом и шахматами.