19 августа 1991 года Борис Ельцин заявил о своем непризнании ГКЧП. 23 августа 1991 года подписал указ о приостановлении деятельности Коммунистической партии РСФСР, а 6 ноября того же года издал указ о прекращении деятельности на территории России структур КПСС и Коммунистической партии РСФСР, национализации их имущества.
На V Съезде народных депутатов РСФСР, проходившем 28 октября – 2 ноября 1991 года, провозгласил программу радикальных реформ, целью которых был объявлен переход к рыночной экономике.
7-8 декабря 1991 года на встрече с президентом Украины Леонидом Кравчуком и председателем Верховного Совета Белоруссии Станиславом Шушкевичем подписал Беловежское соглашение о ликвидации СССР и создании Союза Независимых Государств (СНГ).
В 1992–1993 годах развернулось острое противостояние между Ельциным и Съездом народных депутатов РФ. 25 апреля 1993 года прошел всероссийский референдум, на него были вынесены вопросы о доверии "Президенту Российской Федерации Б.Н. Ельцину" (58,7% ответивших "да"); об одобрении "социально-экономической политики, осуществляемой президентом" (53% ответивших "да"); о необходимости досрочных перевыборов президента (49,5% ответивших "да") и Съезда народных депутатов (67,2% ответивших "да"). 21 сентября 1993 года выпустил указ № 1400 "О поэтапной конституционной реформе", которым был распущен Съезд народных депутатов и Советы, назначены выборы в новый парламент – Федеральное Собрание.
11 декабря 1994 года на основании указа Ельцина "О мерах по пресечению деятельности незаконных вооруженных формирований на территории Чеченской Республики и в зоне осетино-ингушского конфликта" в Чечню были введены российские войска. Первая чеченская война продлилась до 31 августа 1996 года – тогда были подписаны Хасавюртовские мирные соглашения.
Осенью 1996 года физическое состояние Ельцина серьезно ухудшилось. 5 ноября ему была проведена кардиологическая операция. Накануне операции Ельцин подписал указ о передаче своих полномочий на время ее проведения главе правительства Виктору Черномырдину. Утром 6 ноября с премьера были сняты обязанности и. о. президента. К активной деятельности Ельцин вернулся только весной 1997 года.
К 1998 году в России сложилась катастрофическая бюджетная ситуация на фоне крайне низкой собираемости налогов. 23 марта 1998 года Ельцин отправил в отставку кабинет во главе с Виктором Черномырдиным и назначил первым вице-премьером Сергея Кириенко. 17 августа 1998 года правительство РФ и Центральный банк объявили о техническом дефолте по своим долговым обязательствам и перестали поддерживать курс национальной валюты. 23 августа 1998 года Ельцин подписал указ об отставке премьер-министра РФ Кириенко и возложил исполнение обязанностей председателя правительства на Виктора Черномырдина. 11 сентября 1998 года премьер-министром РФ был назначен Евгений Примаков.
С 12 мая 1999 года председателем российского правительства был Сергей Степашин. 9 августа 1999 года в своем телеобращении Ельцин заявил, что принял решение об отставке правительства Сергея Степашина и обратился в Государственную думу РФ с просьбой утвердить на посту председателя правительства РФ Владимира Путина, назвав его своим преемником на посту президента РФ.
31 декабря 1999 года Ельцин объявил о своей добровольной отставке. В переданном в полдень по Общественному российскому телевидению обращении к гражданам страны он сказал, что не хочет еще полгода "держаться за власть, когда у страны есть сильный человек, достойный быть президентом, и с которым сегодня практически каждый россиянин связывает свои надежды на будущее".
Первый президент России попросил прощения "за то, что не оправдал некоторых надежд тех людей, которые верили, что мы одним рывком, одним махом сможем перепрыгнуть из серого, застойного, тоталитарного прошлого в светлое, богатое, цивилизованное будущее".